Сочетания болотистая долина, мирная территория и военные склады могут рассматриваться как нарицательные наименования, в этом случае они пишутся со строчной буквы и не заключаются в кавычки. Однако в случае употребления этих сочетаний в роли топонимов с прописной буквы следует писать первое слово, а также все слова, употребленные не в прямом значении. Кавычки при этом не используются.

Правильно: Марии, Юлии. Слова женского рода на -ия (в том числе имена собственные) имеют в дательном и предложном падеже ед. числа, в отступление от общего правила, окончание И, а не Е: армии, линии, станции, России, Марии. Окончание Е пишется только тогда, когда окончание ударное, например: Зульфия – Зульфие.

В тексте, конечно, ошибка. Правильно окончание: журналистике. У слов фотография и журналистика разные окончания в одной и той же падежной форме, т. к. слова женского рода на -ия в дательном и предложном падеже ед. числа имеют в безударном положении, в отступление от общего правила, окончание -и, а не -е.

Слово пользование есть в русском литературном языке, но характерно скорее для деловой, канцелярской речи (ср.: пользование электроэнергией, разрешение на пользование оружием, взять землю в личное пользование, места общего пользования). Слово использование более нейтральное. Поэтому из двух приведенных Вами вариантов (верных с точки зрения грамматики) мы бы выбрали условия использования сайта.

В зависимости от общего контекста и ситуации возможны варианты:

1) Это эксперт — биолог Иван Иванов (если требуется поставить логическое ударение на слове эксперт; сочетание биолог Иван Иванов — приложение, которое поясняет, кто выступает экспертом в данном случае);

2) Это эксперт-биолог Иван Иванов (сочетание эксперт-биолог выступает постоянной характеристикой Ивана Иванова).

Прилагательное рунный сотносится по смыслу только со словом руно.

У заимствованных существительных по-разному складывается судьба в русском языке. Если они становятся известными, употребляются часто и в самых разных предложениях, то обычно их склоняют по существующим образцам (исключение — «необразцовые» несклоняемые слова). Если судить по текстам спортивных газет, то слово блауграна не остается в стороне от общего «склоняемого» процесса.

По правилам в сложносочиненном предложении при наличии общего второстепенного члена запятая между частями не ставится перед одиночным союзом и. Если же союз повторяется, то запятая перед ним ставится. Таким образом, знаки препинания здесь ставятся так же, как между однородными членами предложения: При сильном ветре гнутся деревья, и качается трава, и по реке бегут волны.