Точка нужна, если это конец повествовательного предложения.
Если так передается официальное название министерства, то правильно написание с прописной буквы; если нет, то нужно писать со строчной.
Нет, некорректна. Действие, обозначенное деепричастием (размышляя), должно совершаться тем же лицом, которое является подлежащим в главной части предложения. В предложении "в тексте отмечается" подлежащее отсутствует. Возможный вариант исправления: Размышляя об этой проблеме, автор текста отмечает...
В деловом письме следует использовать полный вариант: одноэтажный.
Это неудачное сочетание. Мегаполис – чрезвычайно большой город; город-гигант (получается, что «московский мегаполис» – это «московский большой город»). Можно сказать наш мегаполис; Москва представляет собой мегаполис и т. д.
Оба варианта возможны.
Верное написание: метаанализ.
Как официальное название государственного органа: Совет депутатов.
Второй дефис нужен.
Названные Вами сочетания могут быть написаны без кавычек.
