Да, это однородные сказуемые. Однородными являются члены предложения, выполняющие одну и ту же синтаксическую функцию и связанные сочинительной или бессоюзной связью. Однородные члены могут иметь разное морфологическое выражение (являться словами разных частей речи).

Дело в том, что Алматы – казахское название города. Русское название (фиксируемое в словарях русского языка и употребляемое в речи) – по-прежнему Алма-Ата. Поэтому по-русски правильно только так: Алма-Ата расположена.

Если всё-таки нужно употребить в русском тексте казахское название Алматы, можно воспользоваться общим правилом: род несклоняемых существительных, обозначающих географические названия, определяется по роду нарицательного существительного, выступающего в роли родового понятия. В данном случае это слово город (мужского рода), поэтому можно написать: Алматы расположен.

Судя по тексту, речь о первом абзаце.

Кавычки в подобных примерах показывают, что слово или выражение употреблено в метаязыковой функции, т.е. для указания именно на это слово или выражение, а не на обозначаемый им предмет или понятие.

Запятая нужна, и она должна быть парной: необходимо выделить весь оборот в соответствии с пунктом 7 протокола совещания об оборудовании автодорожной и железнодорожной составляющих транспортного перехода через Керченский пролив системами пожаротушения с забором воды из акватории Керченского пролива от 16 ноября 2020 г. Прочитать о постановке знаков препинания в при оборотах с непервообразными (производными) предлогами можно в «Справочнике по пунктуации».

Словарная рекомендация верна: в женском роде правильно только вилась, а в среднем роде и во множественном числе возможны варианты: предпочтительно вилось, вились, но допустимо и вилось, вились. О противопоставленности в прошедшем времени форм женского рода остальным формам см. ответ на вопрос № 238095.

Может быть, просто мальков (без "рыбы"). Если имеются в виду разные породы рыб, то лучше во мн. ч.