Слова департамент и управление пишутся с прописной как первое слово официального названия: Департамент налоговой полиции РФ, Управление делами Президента РФ. В остальных случаях корректно написание со строчной: начальник управления, директор департамента.

В «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, которые Вы цитируете, пояснительный составной союз как то написан через дефис. Но норма изменилась. В «Полном академическом справочнике» 2006 года этот союз был зафиксирован в раздельном написании, что позволило орфографически отличать его от неопределенного местоимения (наречия) как-то. 

Вы правы. Это слово употребляют говорящие по-русски, оно действительно есть в словарях русского языка, оно стало фактом русского языка. Можно сформулировать так: прет-а-порте  — это заимствованное из французского языка слово, входящее в состав современного русского литературного языка.

Формально это родительный падеж.

Определенного, причем раз и навсегда установленного правила на этот счет быть не может. Нужно иметь в виду, что одна из главных функций кавычек — выделительная, то есть, заключая то или иное слово или сочетание слов в кавычки, пишущий стремится обратить на них внимание. Поэтому, в частности, часто выделяются кавычками слова, употребленные в условном, ироническом, образном, необычном и т. п. значении. Однако по мере того как подобные выражения становятся обиходными (широко употребительными) в кавычки они заключаются всё реже. Например, стали писать без кавычек: часы пик; голосовать за и против; работать на отлично; живая газета и др.

Поэтому и сочетание чёрная смерть как условное название чумы можно заключать в кавычки, однако необходимости в таком выделении нет. 

У этих букв разные функции в русском письме. Буква Й обозначает согласный звук [j]. Буква Ь не обозначает звука, а лишь указывает на мягкость предшествующего согласного. Поэтому просто убрать одну из этих букв и заменить ее во всех функциях другой невозможно.

Орфографически верно: трек, трекинг, трекинговый. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Написание с одной буквой к соответствует нормам русского письма (см. подробное объяснение в ответе на вопрос № 262066).

При фонетической транскрипции в школе "йот" можно обозначить буквой русского алфавита Й или буквой латинского алфавита J. Подробно о фонетической транскрипции в школе читайте в учебнике Е. И. Литневской на нашем портале.