Возможны оба варианта. Основные правила согласования сказуемого со счётно-именным оборотом можно прочитать в «Письмовнике».

Оба варианта корректны.

Оба варианта возможны. При существительных женского рода в сочетаниях с числительными два, три, четыре прилагательное может выступать в форме как родительного, так и именительного падежа. 

Оба варианта возможны.
При обозначении приблизительного количества (путём постановки числительного впереди существительного или путём вставки слов около, свыше, больше, меньше и т. п.) сказуемое может стоять как в форме единственного, так и в форме множественного числа (второй способ согласования всё чаще встречается в наше время). 

Ваш вопрос следует адресовать специалистам в области генетики. Справочная служба русского языка готова подтвердить, что в профессиональной речи используются оба выражения — мутировавший ген и мутированный ген.

Поскольку это слово еще не зафиксировано нормативными орфографическими словарями, возможны оба варианта написания, однако вариант чилловый более удачен, так как отсылает к английскому слову. 

Оба варианта корректны. 

Корректны оба варианта, однако более употребителен второй: Глаза мои пусты, слезы не проронить.  

Написание с прописной нарицательных существительных, используемых не в своем обычном значении, потерявших свое прямое значение, регламентировано для имен людей (Ричард Львиное Сердце) и составных географических названий (Кузнецкий Мост, Ясная Поляна). Написание Волшебная Печенька соответствовало бы правилу, если бы это сочетание было прозвищем или географическим названием, например: деревня Волшебная Печенька. 

Название сети магазинов орфографически правильно было бы писать «Волшебная печенька» (независимо от ассортимента их товаров), но при этом приходилось бы учитывать, в каком виде зарегистрировано название торговой марки, и сохранять это написание в официальных документах.

Оба варианта корректны.