У глагола провести среди прочих значений есть следующие: "оформить, соблюдая все необходимые правила" (Провести счет через бухгалтерию. Провести сотрудника по штату. Провести приказом по институту) и "осуществить, произвести, выполнить какие-либо действия, работу" (Провести репетицию. Провести заседание. Хорошо провести урок. Провести соревнования. Провести уборку урожая).

Таким образом, сочетание провести платеж может употребляться в обоих смыслах, о которых Вы пишете.

Никаких «новых правил 2009 года» не существует. Литературная норма русского языка была и остается: на Украину, с Украины – так следовало говорить и писать до 2009 года, так следует говорить и писать сейчас.

Словари русского языка фиксируют у слова что значение 'по какой причине, почему, зачем' (что ты не едешь?  что задумался?), но с пометой «разг.» (разговорное).

Слово естественно-научный образовано от основ, отношение между которыми носит подчинительный характер (естественные науки), но пишется через дефис. Это далеко не единственное исключение из правила (но, если можно так выразиться, самое «раскрученное»), ср.: гражданско-правовой (хотя гражданское право), уголовно-процессуальный (хотя уголовный процесс), лечебно-физкультурный (хотя лечебная физкультура). Дефисному написанию таких слов способствует наличие в первой основе суффикса относительных прилагательных (-н-, -енн-, -ск-).

На мягкий знак могут оканчиваться и существительные мужского рода (гость, огонь, кабель), и существительные женского рода (кость, ночь, ель). Единого правила нет. Носители языка обычно без труда запоминают род слов, узнавая эти слова в детстве, для взрослых людей трудности связаны лишь с несколькими словами (тюль, толь, шампунь, рояль). При изучении русского языка как иностранного род каждого слова приходится запоминать.

Корректно через дефис: древесно-волокнистый. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. На дефисное написание влияет наличие в первой части этого сложного прилагательного суффикса -н-. Из правила о дефисном/слитном написании прилагательных в зависимости от соотношения основ (сочинение/подчинение) в современной письменной речи имеется очень много исключений.

Дело в том, что всеохватного справочника по практическим вопросам русской речи сейчас нет. Если Вам необходим справочник по правописанию, то можно рекомендовать издание: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2006.

Что касается грамматического справочника, то, возможно, подойдет книга «Грамматическая правильность русской речи. Стилистический словарь вариантов» (авторы: Л. К. Граудина, В. А. Ицкович, Л. П. Катлинская).

Слова женского рода на -ия (в том числе имена собственные) имеют в дательном и предложном падеже ед. числа, в отступление от общего правила, окончание -и, а не -е: армии, линии, станции, России, Марии, Евгении. Но личные имена восточного и иного происхождения, оканчивающиеся на ударное -я, имеют в дательном падеже окончание -е: Зульфия – к Зульфие, Алия – к Алие.

Д. Э. Розенталь в «Справочнике по правописанию и литературной правке» замечает, что при прошедшем времени глагола-сказуемого причастие настоящего времени указывает на постоянный признак, причастие прошедшего времени – на временный признак. Поэтому в данном случае предпочтительной следует считать форму прошедшего времени причастия: Автобус сбил школьника, переходившего дорогу на зеленый свет (= который переходил). Ср.: Автобус задел столб, стоящий у дороги (= который стоит).

Авторы, как правило, не своевольничают, а пишут в соответствии с "буквой закона", то есть по правилам. Правила правописания регламентируют обязательное употребление буквы Ё в книгах для младших школьников, в некоторых учебных изданиях (кстати, наряду с обязательной постановкой ударения в таких изданиях), а также в ряде слов с целью предупредить ошибочное прочтение слова (например, слова все и всё).

Правило звучит следующим образом: отрицание не пишется раздельно с наречиями (кроме образованных от прилагательных с помощью суффикса -о), а также с неизменяемыми словами, употребляющимися в роли сказуемого, напр.: не вблизи, не вовремя, не вполне, не вправе, не всерьез, не вчера, не досыта, не иначе и т. д. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник. М., 2007.