Противоречия нет. Пример Ты что, заболел? подпадает под следующее правило Д. Э. Розенталя: запятой отделяются слова что, а что, что же, обозначающие вопросы, за которыми следует предложение, раскрывающее их конкретный смысл (после них делается пауза). Ср.: Ты что же, не идёшь с нами? («что делаешь?», пауза после что же). 

Варианты Ты, что, заболел?  и Ты, что? заболел? представляются тоже возможными. 

Не пишется раздельно, потому что в данном случае отрицается понятие, а не создается новое. Мы легко можем подставить слова, усиливающие отрицание: отнюдь не голодна, вовсе не голодна, но совершенно неестественной была бы подстановка слов, подчеркивающих утверждение (очень, крайне, весьма, чрезвычайно, в высшей степени и др.): *она в высшей степени неголодна (?) Это говорит о том, что перед нами отрицание признака, поэтому нужно писать раздельно.

Вариант хлеще зафиксирован во многих словарях, среди которых: «Русский орфографический словарь» РАН, «Большой толковый словарь русского языка» под ред. С. А. Кузнецова, «Словарь трудностей русского языка» Н. А. Еськовой, «Орфоэпический словарь русского языка» (10-е изд. М., 2015). Если в орфографическом словаре даны варианты хлёстче и хлеще, то остальные издания, перечисленные нами, допускают три формы: хлёстче, хлестче, хлеще. Ни одна из них не является ошибочной.

Запятые не нужны. В первом предложении  из тех, что вызывают затруднения (по-видимому, после слова квартирам точки быть не должно, если Вы спрашиваете о запятой перед и строил), перед нами однородные сказуемые, соединенные неповторяющимся союзом и: привыкал и строил. Во втором предложении однородные сказуемые ловил, решал и наломал. Запятая перед союзом и при однородных членах ставится только тогда, когда союз повторяющийся, например: ловил, и решал, и наломал.

Правильно раздельное написание: Тем, кто дружен, не страшны тревоги. Обратите внимание: «синонимичное выражение», которое Вы называете, тоже содержит слово «не», подобрать синоним без «не» не получается. Это говорит о том, что здесь не создается новое понятие, здесь акцент на отрицании (отрицании страха). Ученикам можно так и объяснить: пишем раздельно, потому что перед нами отрицание признака, а не утверждение нового понятия.

Едва ли в названии магазина Москву приглашают с чем-то или с кем-то знакомиться. Вернее предположить, что глагол в повелительном наклонении знакомьтесь адресован не Москве, а посетителям магазина, Москва же предстает как объект, с которым знакомят посетителей. Следовательно, обращения в предложении нет. Перед нами бессоюзное сложное предложение, во второй части которого подразумевается  подлежащее это, сравним: Знакомьтесь, это Москва. Между частями бессоюзного сложного предложения вместо запятой лучше поставить двоеточие, чтобы выразить значение пояснения: Знакомьтесь: Москва.

Выделяется запятыми междометие ну. Оно обычно стоит перед глаголом в форме повелительного наклонения и употребляется для выражения нетерпения и побуждения к действию: Ну, рассказывай скорей! Междометие интонационно отделяется от остальной части предложения, при восклицательной интонации после междометия ставится восклицательный знак.

Если интонационного выделения нет, перед нами частица. Частица ну, как правило, употребляется в усилительном значении и запятой не отделяется: Ну и гроза! давно такой не бывало! Ну зачем так резко? Ну что за вопрос!

В который — союзное слово, член придаточного предложения. Для того чтобы выяснить, какой это член, нужно подставить на его место то существительное, вместо которого оно употреблено. В который употреблено вместо в лес. Соответственно, в придаточном имеем: я вошел (куда?) в лес (= в который). Перед нами обстоятельство места. Предлог в, естественно, входит в его состав, ведь в + П. п. (в лес, в класс, в город) — это, как и со всеми предлогами, единая предложно-падежная форма имени.

С точки зрения грамматики различий нет: в обоих случаях перед нами бессоюзное сложное предложение. Знак препинания в таких предложениях отражает устанавливаемые автором смысловые отношения частей и связанную с этим интонацию. При установлении смысловых отношений автор должен учитывать содержание частей. Так, в приведенном примере запятая неудачна, потому что между частями затруднительно установить отношения перечисления: во второй части содержится несобственно-прямая речь, которая конкретизирует сочетание показались своенравием из первой части. В этом случае наиболее уместно двоеточие.