Запятая перед тире нужна: она закрывает придаточную часть.
Если имеется в виду "Я думал, что это ты (был, сделал и т. п.)", то верно: Я думал, ты.
Правильно: где бы ты ни был.
В этом сложноподчиненном предложении главная часть находится внутри придаточной. В таких случаях запятая обычно ставится только после главной части: Во сколько бы ты хотела, чтобы я приехал?
Тире возможно. Выбор зависит от интонации.
Предложение построено неудачно. Вводное слово лучше опустить: Я хотел, чтобы ты стала ко мне ближе, а не отстранилась от меня. Также можно изменить порядок частей: Я хотел, чтобы ты не отстранилась от меня, а, наоборот, стала ко мне ближе.
Лучше поставить тире: Ты и я — оба говорим об одном...
Между частями этого сложного предложения наблюдается структурный параллелизм, сопровождаемый в устной речи интонационным выделением (ударением) обоих членов предложения в каждой из частей. В таких случаях ставится тире: Ты — моё, а я — твоё.
