В данном случае ура является субстантивированным междометием. В результате субстантивации междометие приобрело категорию рода и, действительно, употребляется как существительное среднего рода.
Верно: в бухте Средней. Подробнее см. в "Письмовнике".
Запятые не нужны. Нет оснований для их постановки.
Корректно: чувствовать запах. Вариант слышать запах разговорный.