Поскольку вводное слово к примеру находится в начале обособленного (в данном случае пояснительного) члена предложения, запятая после него не ставится. Кроме того, не нужна запятая между подлежащим компания и сказуемым предоставляет. Таким образом, корректно: Если компания предоставляет услуги или продукты, которые нельзя потрогать руками, к примеру программное обеспечение, то весь рабочий процесс проходит в информационных системах, где без особых затрат можно создать систему учёта выработок сотрудников.
В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.
Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.
Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.
Запятая в обоих случаях нужна.
Запятая не нужна.
Корректно: Направить отчёт не представляется возможным. Глагол представиться употребляется в значении 'возникнуть, появиться, обнаружиться', ср. с примерами из словаря: Представился удобный случай. Представилась реальной опасность застрять в дороге. Ждать, когда представится возможность уехать. Глагол предоставиться фиксируется словарями в значении 'получить возможность осуществления чего-л.', но характеризуется как разговорный.
Корректно слитное написание.
Запятые поставлены правильно.
Если информировать должны начальники отделов, то более определенными будут такие варианты: Просьба к начальникам отделов проинформировать своих сотрудников; Просим начальников отделов проинформировать своих сотрудников.
Следует писать с дефисом.
Оба варианта не вполне корректны, следует перестроить предложение.
