Логика та же, корректно писать без кавычек.
Слова отдел и отделение в приведенных случаях следует писать со строчной буквы.
Запятая ставится.
Верно: Общество с ограниченной ответственностью "Ромашка", находящееся по адресу: г. Самара...
Рекомендации справочных пособий разнятся. «Словарь грамматических вариантов русского языка» Л. Граудиной, В. Ицковича, Л. Катлинской предлагает не склонять названия пустынь в сочетании с родовым словом. В то же время «Словарь географических названий» А. В. Суперанской рекомендует в такой же ситуации изменять по падежам названия пустынь женского рода: в пустыне Сахаре. Однако на практике чаще встречается несклоняемый вариант: в пустыне Сахара.
См. ответ на вопрос № 281295.
Верны оба варианта, второй отличается разговорным оттенком.
Это интонационно-логическое тире.