Правильно: принимать по две капсулы в день.
Личные имена, как правило, ограниченно образуют формы мн. ч. Имя Кузьма - не исключение: регулярных форм мн. ч. нет, но если такую форму по каким-то причинам нужно образовать, то она будет аналогичной формам других слов первого школьного склонения (таких, как жена, сестра, тесьма и т. п.).
Запятая нужна. Слово думаю в этом случае вводное, оно указывает на неуверенность автора (говорящего) в сообщаемом.
В значении "после" верно: по прибытии, по истечении срока.
Оба варианта корректны, чаще пишут с запятой.
Слова, одинаковые по звучанию, но разные по значению – омонимы. Правда, бой в значении "состязание, поединок, схватка" и бой в значении "звуки, производимые дробными ударами чего-либо" нельзя назвать омонимами – это просто разные значения многозначного слова. Подробнее о многозначных словах и омонимах см. в пособии Е. Литневской.
Запятая после слова меха не нужна.