Слова вместе с тем не являются вводными и не требуют обособления. В приведенном контексте слова вместе с тем выступают в роли наречия (в других контекстах вместе с тем может быть союзом).
В связи с чем – союз. Запятая ставится перед придаточным предложением, присоединяемым этим союзом: ... , в связи с чем Заказчик был поставлен перед фактом. Если это отдельное предложение, лучше использовать слова в связи с этим: В связи с этим Заказчик был поставлен перед фактом.
Запятая поставлена верно.
Наречие наедине может быть употреблено без поясняющих слов, но более широкий контекст все равно покажет, что речь, например, идет о двух (как минимум) персонах; ср.: их разговор наедине; они долго молчали, оставшись наедине. У этого наречия основная смысловая задача — отметить чье-либо единение и уединение. Поэтому обычно и подразумеваются, и упоминаются два (или более) «участника» описываемой ситуации. Если используется фраза мне нужно побыть наедине, то очевидно, что слушателю или читателю понадобятся пояснения: что значит — наедине? с кем наедине?
Корректно.
Ответы на вопросы по пунктуационному оформлению каждого из этих слов можно найти в архиве "Справочного бюро".
См. в «Справочнике по пунктуации».
Возможны варианты согласования, зависящие от смысла фразы.
Запятая не нужна.
