Правильно раздельное написание.

Правильно: Приемная комиссия ... государственного университета и в выходные дни трудилась не покладая рук.

Некоторые аббревиатуры, часто употребляемые и похожие по своему внешнему фонетическому облику на «обычные» слова, приобретают родовую форму мужского рода, например: МИД (хотя министерство), ВАК (хотя комиссия), собес (хотя обеспечение).

Написание комиссия по противодействию финансированию терроризма правильно. Слово противодействие управляет дательным падежом: противодействие кому-либо, чему-либо.

По правилам слово президент пишется с большой буквы при официальном употреблении (в текстах официальных документах, в полных официальных названиях и т. д). Поскольку заголовок новости не является официальным документом и полное официальное название комиссии в заголовке не приводится, слово президент корректно писать в нем строчными.

По общему правилу инициальные аббревиатуры пишутся прописными: ВАК, ПТУРС. Исключения единичны, в их числе как раз слово вуз, а также дот, дзот; возможно написание строчными аббревиатуры загс (при наличии и варианта ЗАГС). Написание таких аббревиатур строчными связано с многолетней традицией их употребления.

У автора (Евгения Водолазкина) в тексте – с прописной. Однако в этой ситуации возможно двоякое понимание текста пишущим и, следовательно, двоякое написание. Поэтому Экспертная комиссия Тотального диктанта приняла решение считать допустимыми оба варианта – с прописной и строчной буквы. Ни один из них не будет засчитываться за ошибку.

Орфографическая комиссия РАН отдельно обсуждала написание слов такого типа и приняла решение придерживаться дефисного написания (хотя прежде в словарях рекомендовалось слитное). Дефис обусловлен наличием в первой части компонента -лог-. Наличие этого компонента влияет на дефисное написание именно прилагательных, поэтому пишется геолого-разведочный (хотя геологоразведка), патолого-анатомический (хотя патологоанатом).

Да, запятая после слова обследование нужна.

Мягкий знак после шипящих у существительных 3-го склонения пишется исключительно по традиции. Лингвисты неоднократно говорили о том, что отмена такого написания стала бы шагом вперед в нашей орфографии, и не раз предлагали писать мыш, ноч (например, такое предложение рассматривала Орфографическая комиссия, созданная в 1904 году при Отделении русского языка и словесности Академии наук), но эту идею не удалось реализовать ни во время реформы 1917–18, ни позднее. Стремление сохранить знакомый облик слова всегда оказывалось сильнее.