Лучше обойтись без слова «предмет»: за особые успехи в изучении истории. Если слово «предмет» всё же необходимо, то история не склоняется: за особые успехи в изучении предмета ИСТОРИЯ.
Правильно выделение (с двух сторон) всего оборота как всегда.
Во всех приведенных Вами примерах верно написание строчными.