В первой фразе знаки препинания не нужны. Вторую желательно перестроить: в заседании комиссии примет участие главный инженер ОАО «Ромашка» Иванов Иван Иванович.
Запятая нужна, она разделяет части сложного предложения.
Верно: АО "Ромашка" в лице Ивановой В. А., действующей...
Предпочтителен второй вариант. Нет оснований для написания с прописной буквы.
Поскольку возможна "ложная" проверка, предпочтительно проверять написание этого слова по словарю.