Запятая перед союзом и не нужна, так как он соединяет два вопросительных предложения (в данном случае два косвенных вопроса).
Знаки препинания во фрагменте не требуются.
Для обоснованного ответа на вопрос нужно знать предыдущий контекст предложения.
Запятая нужна, она отделяет части сложносочиненного предложения.
Запятая между главной частью и придаточной, присоединяемой простым союзом или союзным словом, не ставится, если перед подчинительным союзом или союзным словом стоит сочинительный союз и: Отличия «формы» от «материи» приобретают важное значение и когда Аристотель объясняет процесс познания человеком предметов бытия.
Возможны варианты: 1) И, что ещё хуже, мы упустили преступника; 2) И что ещё хуже — мы упустили преступника.
Основной вариант — без обособления имени собственного: Автор статьи И. И. Иванов рассматривает причины… См. ответ на вопрос № 323693.
В этом случае запутанно является кратким прилагательным, о чем говорит его связь с помощью сочинительного союза с кратким прилагательным сложно. Краткие формы прилагательных, совпадающих по форме со страдательными причастиями прошедшего времени глаголов совершенного вида, пишутся с нн: В отношениях с любимыми всё так сложно и запутанно.
Если автор относит союз чтобы не только к части у каждого сотрудника были все необходимые права для работы, но и к части ничего лишнего, то запятая не нужна. Оценить уместность такого понимания можно только с учетом контекста.
Запятая нужна, она отделяет части сложного предложения.