Вы имеете в виду выделение запятыми (не кавычками)?

Названные Вами обороты по рекомендациям справочных пособий обособляются факультативно, но фактически (на практике) они обособляются в большинстве случаев. Думаем, целесообразно оставить этот вопрос на усмотрение авторов текстов. В ряде случаев и отсутствие запятой может затруднить восприятие текста читателем, поэтому вызывает сомнения жизнеспособность этого внутреннего правила издания.

При отрицании возможен как родительный, так и винительный падеж. См. подробнее в «Письмовнике».

В первом предложении имеется пояснительная конструкция, во втором — уточняющая. Те и другие выделяются парными знаками — запятыми или тире. Во втором предложении предпочтительны запятые как основной знак для обособления уточняющих членов предложения, в первом — тире, поскольку сочетание «Печатные СМИ» и «Социальные проекты» может быть понято и как ряд однородных членов, находящийся в середине предложения и имеющий значение попутного замечания.

Действительно, в некоторых словах историческая приставка с- (со-) в современном русском языке может не выделяться, если утрачена структурно-смысловая связь с родственными словами без этой приставки. Так, А. Н. Тихонов в своем «Морфемно-орфографическом словаре» не выделяет приставку в словах созерцание, созерцать, так как в русском языке нет глагола зерцать, глагол созерцать непроизводный. Но в том же словаре выделена приставка в словах сотворение, сотворить, так как последнее образуется от глагола творить. Иной подход к морфемному членению слов, учитывающий ощущаемые носителями языка исторические смысловые связи, позволяет выделить приставку и в слове созерцать (см., например, ресурс «Портрет слова» на сайте Национального корпуса русского языка или «Орфографическое комментирование русского словаря»). На нашем портале морфемный состав многих слов показан в конце статей «Большого универсального словаря русского языка» под ред. В. В. Морковкина. И в заключение заметим, что приставка с- (со-) имеет разные значения, они описываются в толковых словарях. Наиболее подробное словарное описание можно прочитать в «Большом академическом словаре русского языка». 

В приведенном примере вставная конструкция представляет собой придаточную часть, парные тире заменяют собой парные запятые: Он долго вглядывался в страницы, проверял всех незнакомых отправителей — которые, как он понял, были благодарными жителями Великобритании — и всех получателей.

Сравним случаи иного рода, которые приводятся, например, в примечаниях к параграфу 26.2 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: Он посмотрел на пепелище, которое окружало его, — какой ужас! — и руки бессильно опустились у него — запятая закрывает придаточную часть сложноподчиненного предложения; Он встал и, прихрамывая — он был на протезе, — подошёл к окну (Кав.) — вставное предложение примыкает к предшествующему деепричастию, и запятая ставится после всей этой конструкции; Я забрался в угол, в кожаное кресло, такое большое, что в нём можно было лежать, — дедушка всегда хвастался, называя его креслом князя Грузинского, — забрался и смотрел, как скучно веселятся большие (М. Г.) — запятая перед первым тире закрывает предшествующую придаточную часть, а запятая перед вторым тире закрывает деепричастный оборот в самой вставной конструкции.

В слове коса в знач. 'заплетенные волосы' ударение в форме винительного падежа падает на о. Если слово коса употреблено в знач. 'сельскохозяйственное орудие', возможно: кОсу и косУ (предпочтительно косУ). Именно это и зафиксировано в нормативных словарях. Разве что "Большой толковый словарь русских существительных" и "Большой толковый словарь русского языка" указывают, что форма винительного падежа слова коса в значении "заплетенные волосы" может иметь ударение косу и косу, однако ориентироваться при выборе ударения следует всё же на орфоэпические словари и словари трудностей. 

Первый вариант предпочтителен.

Предложение Всяк сверчок знай свой шесток находится в форме долженствовательного наклонения, выражающего обязательность, вынужденность, предписанность осуществления чего-н. Это специальное синтаксическое наклонение, описанное в параграфах 1948—1951 «Русской грамматики» 1980 г. Существительное сверчок является в предложении подлежащим. В приведенной же стихотворной цитате содержится волеизъявление (пожелание) лирического героя, обращенное к прощальному свету, вечернему дню и очарованью. Здесь мы имеем дело с обращениями.

Написание каждого слова названия с большой буквы точно будет ошибкой: в названиях организаций с большой буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные. При этом названия учреждений, учебных заведений и т. п., а также отделов и частей учреждений и организаций, не являющиеся собственными именами, пишутся со строчной буквы, например: отдел кадров, кафедра иностранных языков и др.

Таким образом, выбор должен делаться из орфографически верных вариантов Кружок юных биологов Московского зоопарка (такое написание подчеркнет определенную самостоятельность организации) и кружок юных биологов Московского зоопарка (если кружок мыслится как часть Московского зоопарка). Второй вариант представляется более оправданным.

Единства в словарных рекомендациях нет. «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка (5-е изд. М., 2008) и «Словарь трудностей русского языка» Н. А. Еськовой (М., 2014) фиксируют только вариант манжета во всех значениях. «Русский орфографический словарь» РАН (4-е изд. М., 2012) фиксирует: манжета (как технический термин), но: манжета и манжет (обшлаг, отворот). А «Большой академический словарь русского языка» (Т. 9. М., СПб., 2007) и «Большой толковый словарь русского языка» С. А. Кузнецова дают варианты манжета и манжет как равноправные во всех значениях.

Таким образом, однозначно можно утверждать только одно: вариант манжета  – правильный (независимо от значения этого слова). Признавать или нет вариант манжет нормативным – в этом у лингвистов единой позиции пока нет.