Приложения начальник отдела и физорг неоднородные (характеризуют человека с разных сторон), поэтому знаки препинания не требуются. При этом можно рассматривать сочетание физорг Алексей Степанович пояснением к сочетанию начальник отдела (особенно если основной темой текста является этот отдел) и поставить тире: За спортивный дух отвечает начальник отдела — физорг Алексей Степанович.
Строгой литературной норме отвечает ударение на сносях (некоторые словари отмечают еще вариант на сносе); здесь употребляется слово снос (от глаг. снести – сносить). Но такое ударение явно противоречит узусу, т. е. общепринятому употреблению (о словарной рекомендации на сносях знают, вероятно, только специалисты по фонетике). Поэтому ряд словарей фиксирует принятый в узусе вариант на сносях.
Если прямая речь непосредственно включается в авторское предложение в качестве его члена, то она заключается в кавычки, знаки же препинания ставятся по условиям авторского предложения: Он только открыл рот, чтобы ответить ей, как со стороны послышалось громкое «Осторожно!».
Если бы в прямой речи не было восклицательного знака, ее следовало писать с маленькой буквы.
В этом случае нужно руководствоваться правилом, приведённым в параграфе 5 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: «...прописные буквы заменяются строчными, если перед перечислением стоят знаки двоеточие или тире (впереди имеется обобщение)». Корректно: Он спрашивал себя: зачем ему нужно это знать? почему это так важно для него?
Думаем, можно написать так: И погибшие мы, но не ставшие памятью, оставались один на один со своею судьбой...
О прямой речи. Тире после прямой речи ставится как знак последующих слов автора. Если же начинается новое предложение с новой строки, тире ставить не нужно. Знаки запятую и тире нужно оставить на одной строке.
В тексте вставной конструкции сохраняются все необходимые для нее знаки, поэтому и вводные слова выделяются в ней по общему правилу: ...по дороге встретил старого знакомого — скорее всего, бывшего коллегу, — который и рассказал ему о случившемся. Запятая перед тире, закрывающим вставную конструкцию, ставится потому, что далее следует придаточная часть сложноподчиненного предложения.
В письменной речи такие предложения нежелательны. Нужно не расставлять в них знаки, а перестроить их. Возможны разные варианты, например:
Существует вещество, которое очищает воздух.
Существует вещество, которое добавляют в воздух, в результате чего он очищается.
Если непременно нужно записать приведенные Вами разговорные фразы без изменений, то лучше перед союзами и поставить вместо запятых тире.
Сочетание глубокие недра не является плеоназмом. Оно употребляется и в художественной, и в научной литературе: Тут бог знает из каких глубоких недр вылезают наружу старые, заржавленные, давно забытые предрассудки (А. Куприн); Их используют для объяснения процессов, происходящих в земной коре и в глубоких недрах земли, а также для изучения минералообразования (Журн. «Наука и жизнь»)
Перед открывающей или закрывающей скобкой не ставятся запятая, точка с запятой, двоеточие и тире; эти знаки ставятся только после закрывающей скобки. И лишь в редких случаях, когда вставная конструкция явно относится ко второй части предложения, внутри которого она находится, нужный знак препинания перед открывающей скобкой сохраняется. См. справочник Д. Э. Розенталя «Пунктуация», § 26 и § 67.
Запятая требуется только перед союзом то бишь: Он находится лицом к девушке и начинает идти назад, то бишь ведя ее вперед.
Наличие союза что не влияет на знаки препинания при слове безусловно. Подробнее о пунктуации в этом случае см. в "Справочнике по пунктуации". Верно: Я увидел его с иной стороны, что, безусловно, меня поразило.
