Правильно: протоколы.
Какие именно затруднения с произношением этого слова у Вас возникают?
Существуют мнемонические правила - "запоминалки": http://www.gramota.ru/class/memos/?page=2
Согласный Р в слове рейс произносится мягко.
Если аббревиатура слоговая (ее можно разбить на слоги, как обычное слово) и пишется строчными буквами, то перенос возможен: зав-хоз, прод-маг. Не подлежат переносу аббревиатуры, пишущиеся полностью или частично прописными (большими) буквами.
Правильно: щёлкать.
Верно: три восьмых, одна пятнадцатая, две пятых.
Правильно произношение ску[шн]о.
Оба варианта переноса слова возможны.
Литературная норма: нефти, мазута. Ударение на последнем слоге – очевидно, профессионализм (как компас у моряков и возбуждено у сотрудников силовых ведомств).
Правильно: трубопровод.