Правильно: Генин портфель.
Верно: за более чем полвека.
Следует использовать форму винительного падежа: исправления внесены в налоговую декларацию.
Да, запятая перед тире нужна.
Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное.
Слова да и нет, выражающие утверждение и отрицание, в составе предложения отделяются или выделяются запятой. Верно: Нет, я.
Правило есть. Для передачи произношения по слогам с разными целями, для передачи протяжного звучания гласных, раскатистого р и других особенностей произношения используется дефис. См.: Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006. § 113. Поэтому корректно: р-р-рык.
Эти сочетания пишутся строчными буквами.
Можно, это не ошибка.
Колодезный - производное от колодезь, поэтому слова колодец и колодезный нельзя считать однокоренными.