В кавычки заключаются не мысли, а слова, в которые эти мысли облечены. Проясните, пожалуйста, Ваш вопрос конкретным примером.
Корректно раздельное написание: азимутально сканирующая аппаратура.
В этом предложении оборот с союзом как играет роль обстоятельства образа действия («по-романному»), поэтому запятая перед ним не нужна.
Здесь уместна форма единственного числа: европейской и японской кухни.
Слово протяжный имеет значение ‘длительно звучащий’. Возможно сочетание протяжный вздох, сочетание протяжный вдох некорректно.
Из этих слов реальным является одно — пол-йогурта. Оно пишется через дефис.
Общего правила постановки ударения в русском языке нет, правильное ударение нужно проверять по орфоэпическому словарю.
Такое употребление не соответствует грамматической норме.
Запятая не нужна.
Корректно: В соответствии со спецификацией.