В приведенном Вами примере знаки препинания расставлены верно (за исключением того, что восклицательный знак следует поставить после кавычек), однако кавычки здесь нужны лишь потому, что в них заключено название упоминаемого проекта. 

Это сложноподчиненное предложение, и запятая между его частями нужна. Поскольку изъяснительная придаточная часть расположена перед главной, вместо запятой можно поставить тире: Как подобное вообще возможно — было за пределами его понимания.

Поскольку сочетание аж до костей пробирает связано со сказуемым холодный отношениями следствия, в предложении нужно поставить тире: Воздух свежий, словно его только что постирали, и холодный — аж до костей пробирает. 

В этом предложении повторяющийся союз и... и имеет отчетливое градационное значение (= «не только свежие, но и застарелые пятна»), а потому запятую нужно поставить: ...отстирает и свежие, и застарелые пятна.

В этом случае возникнет неполное предложение, в котором на месте глагола следует поставить тире (обратим внимание, что речь идет именно о тире, а не о дефисе): Ивану — удачи в делах!

Да, название должно быть выделено, но достаточно одного способа выделения. Если Вы выбрали написание прописными, то кавычки уже не нужны. Если прописные убрать, нужно поставить кавычки: Нажмите кнопку «Система».

Предлагаем такой вариант: Я даю только то, что сама пробовала, только то, что работает, – и мои желания исполняются.

Формально поставить точку с запятой можно, но этот знак будет слишком сильно дробить предложение.

Оснований для постановки тире нет. Конечно, есть такое понятие, как авторский знак (автор вправе поставить тире там, где он делает интонационную паузу), но, если автор этого текста Вы, такая правка выглядит странно.

Лучше поставить вместо тире скобки: Жвачные животные, используемые в сельском хозяйстве (не только коровы, но также овцы, козы, верблюды, свиньи и лошади), ежегодно выпускают в атмосферу почти треть всех антропогенных метановых выбросов.

В этих случаях тоже нужен знак препинания между частями сложносочиненного предложения: Растаял снег, и намокла земля. Лето придёт, и наступит тепло. Вместо запятой можно поставить тире (как знак, выражающий значение результата, следствия).