Корректны варианты:
Возникает вопрос: в чём разница между программами?
Возникает вопрос, в чём разница между программами.
Контаминация значений или развитие производного значения — регулярная вещь. В данном случае из темпорального значения развивается качественное, поэтому законны оба вопроса. По значению словосочетание в любом случае обстоятельственное, темпорально-качественное.
Правильно: Единый государственный экзамен. См.: Лопатин В. В., Нечаева И. В., Чельцова Л. К. Прописная или строчная? Орфографический словарь. М.: Эксмо, 2007.
Разнобой в ответах устранен.
Постановка кавычек не требуется.
Спасибо!
Собака - одушевленное существительное. В школьной грамматике: кто? собака.
Такая формулировка неудачна.
Это слово само по себе не связано с постановкой запятых.
Оба вопроса корректны.