Аналогию между Госдумой и Российской Федерацией проводить не следует, поскольку написание названий государств и написание названий органов власти регулируются разными орфографическими правилами. В названиях государств с прописной буквы пишутся все слова (кроме служебных); в названиях организаций, учреждений, органов власти с прописной буквы пишется только первое слово и входящие в состав названия имена собственные, поэтому орфографически правильно было бы писать Федеральное собрание, Государственная дума (но Совет Федерации, здесь Федерация – имя собственное, т. к. выступает вместо сочетания Российская Федерация). Однако в официальных текстах (а на практике – в современной письменной речи вообще), вопреки орфографическим нормам, принято написание Государственная Дума и Федеральное Собрание.
Сокращения Госдума и Совфед могут быть использованы при неофициальном употреблении, например в прессе, в обиходной речи, но, разумеется, недопустимы в официальных текстах.
Государственный академический Большой театр.
ЕГЭ – Единый государственный экзамен.
Вместо этого слова следует использовать прилагательные национальный или государственный.
Полное название вуза: Московский государственный университет им. М. В. Ломоносова. Краткое название: МГУ.
Тире поставить желательно для прояснения смысла предложения; без тире в предложении возникает словосочетание государственный обвинитель прокурора.
Сочетание краеведческий музей пишется строчными. С прописной буквы пишется первое слово официального названия, напр.: Алтайский государственный краеведческий музей.
Официально Государственный флаг Росийской Федерации именуется именно так, с прописной буквы, см. Орфографический академический ресурс «Академос».
