Первое издание «Русского орфографического словаря» (1999) фиксировало сокращения млн, млрд с точками, во втором издании (2005) эта рекомендация была снята. Сегодня нормативно написание без точек.

С пунктуацией при сочетании опять же ситуация непростая. См. в нашем «Справочнике по пунктуации»:

ОПЯТЬ ЖЕ, вводное слово (в начале предложения или части сложного предложения)

Служит отсылкой к сказанному прежде, указывает на связь между предложениями; то же, что «в добавление к сказанному, к тому же, кроме того». Интонационно отделяется от последующих слов. (...)

Опять же, у мужа Катерины фельшар есть ― друг-приятель ― так он мне лекарствия дает. Ф. Решетников, Тетушка Опарина. Вот я что думаю – не покажусь я им сразу. Издаля, по-тихому присмотрюсь. Опять же, соседа вызову, посовещаемся. Г. Владимов, Верный Руслан. Опять же, ведь и не быть тебе в Чердыни весь век, всё равно увезут… А. Иванов, Сердце Пармы.

При отсутствии интонационного выделения, а также при употреблении не в начале предложения (или части сложного предложения) слова «опять же» не являются вводными и не обособляются.

Опять же только начальство знало, что из этого получится, а начальством являлись Саша и Вадик. А. Гладилин, Прогноз на завтра. Но самих сторублевок они опять же не видели... А. Рыбаков, Тяжелый песок. Гнедые бывают. Карабахские ишаки опять же… А альбинос – это феномен. М. Веллер, Белый ослик. Знаешь эти хитрые тракторы «Беларусь»? Тут тебе и экскаватор, тут тебе и бульдозер, и тяговая сила опять же. В. Аксенов, Пора, мой друг, пора. Похоже на войну, только опять же на войну ночную с редкой перестрелкой... В. Астафьев. Пролетный гусь.

@ В текстах конца 19-го – начала 20-го века слова «опять же» в начале предложения часто отделялись двоеточием. И опять же: голос его был такой, что просился в душу… К. Станюкович, На другой галс. Опять же: в бога не веровала… ни тебе помолится, ни тебе перекрестится… М. Горький, Мещане.

Правильно и с точками, и без точек над ё. Но по желанию автора или редактора любой текст может быть напечатан с последовательным употреблением буквы ё. Так что газета может настаивать на написании серьёзно.

Букву Ё следует писать в любом тексте (в соответствии с действующими правилами правописания) в собственных именах и наименованиях, а также в тех случаях, когда слово без точек над Ё может быть неоднозначно понято читателем. 

В справочниках рекомендаций о написании сокращений в случае, если весь текст набран прописными буквами, нет. Возможны оба варианта – и строчными, и прописными. Обратите внимание: нормативны сокращения без точек и с тремя точками – пгт и п. г. т.

Правило таково: точки не ставят в конце сокращений, образованных путем удаления гласных. Сокращения млн, млрд (без точек) зафиксированы, например, здесь: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012.

Донья — актуальная, правильная форма мн. числа существительного дно. Но такая форма используется, только если речь идет о нижней части емкости, сосуда, вместилища. Донья бутылок, донья бочек — корректно, а вот донья морей — уже нет, верно: дно морей.