Действительно, деепричатный оборот употреблен неверно, предложение следует перестроить — например, так, как Вы предлагаете.

В русском языке действие, обозначаемое деепричастием (деепричастным оборотом), относится, как правило, к подлежащему данного предложения. В конце XVIII и XIX веке под влиянием французского языка деепричастные обороты нередко употреблялись в отрыве от подлежащего. На некорректность такого употребления указывал еще Ломоносов, однако оно продержалось до начала XX века.

Оборот тем не менее является союзом, обособляться он не должен, в отличие от вводного сочетания судя по всему. Однако в предложении эти два разнородных компонента соединены союзом как однородные и тем самым по функции сближены. Предлагаем оформить их как вставку: Фильм пока не удостоился внимания крупных фестивалей, но — тем не менее и судя по всему — это явно достойная и качественная работа.

Когда речь идет о человеке, его имя обычно является определяемым словом, а другие существительные, называющие этого человека, — приложениями при нем. Соотвественно, в данном случае приложение  — один из христианских апологетов II века. Обратите внимание, что деепричастный оборот выделяется запятыми с двух сторон: Один из христианских апологетов II века Тертуллиан, говоря о вере, писал: «Верую, потому что абсурдно». 

В этих случаях причастный оборот однороден определению-прилагательному, а от определеяемого слова оно не отделяется, сравним примеры из параграфа 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Даже старые, серыми лишаями покрытые ветви деревьев зашептали о прошлых днях (М. Г.); Нет, не только во сне плачут пожилые, поседевшие за годы войны мужчины (Шол.) и т. д.

Это обстоятельственные обороты со значением условия, не требующие обособления. Во втором и третьем примерах оборот находится в начале предложения, что не предполагает его отделения запятой от остального предложения. В первом примере он находится в середине предложения, но не является уточняющим по отношению к обстоятельству времени сейчас, к тому же он важен для общего смысла предложения, его невозможно считать попутным пояснением.

В этом предложении имеется обстоятельственный оборот с сочетанием по результатам, употребленным в функции предлога. Такие обороты обычно обособляются, если располагаются между подлежащим и сказуемым, как в данном случае: Акционерное общество «Ромашка», по результатам совещания по вопросу рассмотрения документов территориального планирования, направляет протокол совещания для учета в работе. Подробнее о пунктуационном оформлении подобных оборотов можно прочитать в «Письмовнике».

В первом предложении парные тире выделяют пояснительную конструкцию, во втором — вставную, они допустимы. Обратите внимание, что во втором предложении слово наоборот вводное. В третьем предложении предпочтительно двоеточие, запятая перед сочетанием с использованием обычной кухонной утвари и ванн нужна, потому что этот оборот уточняет обстоятельство «на коленке». В четвертом предложении тире нужно, поскольку имеется противопоставление двух именных сказуемых.

По общему правилу обособление оборота с предлогом наряду с... факультативно или зависит от условий контекста. В конце предложения этот оборот чаще не обособляется. В данном контексте можно усмотреть пояснительный или присоединительный характер этого оборота. В таком случае его желательно отделить с помощью тире: Казань также вошла в тройку лидеров по числу ранних бронирований на Новый год — наряду с Санкт-Петербургом и Москвой.