Следует писать с большой буквы: Уфа и Республика Башкортостан.
Запятая поставлена правильно. Обороты, присоединяемые предлогом несмотря на, обычно обособляются (за исключением тех случаев, когда оборот входит в состав сказуемого или тесно связан с ним по смыслу).
Правильно: «Сокол ясный — 2016».
Правильно со строчной: ежегодное послание Президента Российской Федерации Федеральному Собранию Российской Федерации о положении в стране и об основных направлениях внутренней и внешней политики государства.
Такого правила нет. Некоторые наименования, включающие слово суд, зафиксированы в академическом словаре:
суд, суда́
Верхо́вный су́д РФ
Вы́сший арбитра́жный су́д РФ
Европе́йский су́д по права́м челове́ка
Кассацио́нный су́д (высшая судебная инстанция в нек-рых странах)
Конституцио́нный су́д РФ
Линч, -а: су́д Ли́нча
Междунаро́дный су́д (в Гааге)
под су́д (отда́ть)
пока́ су́д да де́ло
Стра́сбургский су́д
Стра́шный су́д (библ.)
су́д да де́ло: пока́ су́д да де́ло
шемя́кин су́д, шемя́кина суда́
Можно написать первое слово с прописной буквы, если имеется в виду образное наименование города. Кавычки при этом использовать не нужно.
В неофициальных устойчивых, в том числе образных, названиях государств и городов с прописной буквы пишется первое (или единственное) слово, а также (если они есть) собственные имена, напр.: Страна восходящего солнца (о Японии), Страна утренней свежести (о Корее), Поднебесная империя или Поднебесная (об императорском Китае), Страна кленового листа (о Канаде), Страна тюльпанов (о Голландии), Вечный город (о Риме), Белокаменная, Первопрестольная (о Москве), Северная Пальмира (о Петербурге).
Следует писать с маленькой буквы: песто, соус песто.
Правильно строчными, без кавычек: отдел биофизики макромолекул.
См. здесь.
См. в Письмовнике.
