Да, в словах считать 'называть числа в последовательном порядке' и считать 'читая, сличить, проверить (какой-л. текст)' корень с чередующейся гласной.
Вероятно, это связано с тем, что словарные слова чаще всего проверяются не по правилу, а по словарю, их нельзя подвести под правило (или сделать это по каким-то причинам очень трудно), их нужно выучивать в ряду других, особо трудных слов в «словарном порядке».
Вы правы, корень -шапк- имеет вариант -шапоч-. Звуки, обозначаемые буквами к и ч, чередуются, буква о обозначает беглый гласный звук. Правило о написании беглых гласных можно прочитать здесь.
Кавычки не нужны, слово давно фиксируется словарями (см. ресурс «Проверка слова»).
Вместо нету следует написать нет, в остальном всё верно.
В орфографии принят более этимологический подход к членению слова на морфемы, опирающийся на языковую интуицию. Носители языка часто чувствуют родство слов, отнесение которых к однокоренным с точки зрения современных смысловых, структурных, словообразовательных связей сомнительно. Слова, в которых членение слова на морфемы - дискуссионный вопрос, не должны служить материалом для проверки знаний в формате ОГЭ и ЕГЭ. Составители КИМ стремятся такие проблемные слова в реальных экзаменационных заданиях не давать.
В слове наказание вторую а можно проверить словом наказанный.
В слове птенец выделяется корень -пт- (ср. птица). На нашем портале словообразовательного словаря нет, но есть хороший учебник, в котором можно прочитать о словообразовании.
Современные орфоэпические словари указывают в качестве правильного либо ударение на е: симмЕтрия (как в словаре М. В. Зарвы), либо оба варианта: с ударением на е или и: симмЕтрия и симметрИя (как в словарях И. Л. Резниченко и Р. И. Аванесова). Так что выбор за Вами.
Верно: Применение педагогически необоснованных и не обеспечивающих высокое качество образования форм, методов обучения и воспитания.
В современном русском языке буква е в слове подтвердить не проверяется, это словарное слово. Но историческое родство со словом твёрдый дает возможность запомнить написание с помощью этого слова.
