Деепричастный оборот употреблен некорректно. Возможный вариант: Образцы осторожно измельчили с помощью пестика и ступки без перемалывания.

Поскольку в предложении всё же есть определяемое существительное лестница, прилагательное единственной и причастный оборот сохранившейся со времени постройки собора не теряют функцию определений. Однако запятая между ними не требуется, так как определение единственной относится не непосредственно к существительному лестницы, а к сочетанию причастного оборота и существительного, то есть к сочетанию сохранившейся со времени постройки собора [лестницы]. Случай в целом аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

Определительный оборот, стоящий перед именем существительным, выделяется запятыми, если он осложнен обстоятельственным оттенком значения. В данном случае у причастного оборота есть дополнительное значение причины. Поэтому запятая перед Энакин нужна.

Это тот случай, когда деепричастный оборот, стоящий после союза а, невозможно «оторвать» от союза, изъять из предложения или переставить в другое место без разрушения структуры предложения. Подобные случаи представлены в параграфе 20.2  справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя, например: Он начал приносить книги и старался читать их незаметно, а прочитав, куда-то прятал (М.Г.).

В Вашем примере «напрашивается» тире, поскольку наблюдается восстанавливаемая из контекста неполнота как в деепричастном обороте (пропущено слово мышцы), так и в основной части предложения (пропущено подлежащее червь или он), а кроме того, есть параллелизм частей. Однако и деепричастный оборот нужно закрыть, а другого знака, помимо запятой, для этого не предусмотрено. Из этого делаем вывод, что запятая перед тире ставится: Сокращая кольцевые мышцы, червь проникает между частицами почвы, а сокращая продольные, — раздвигает их в стороны.

Где же тут обобщенно-личное предложение?

Как правило, после вводного а главное ставится или запятая, или тире. В приведенном примере также возможно поставить или запятую, или тире. Правильно через дефис: инженерно-строительный.

Коммуникативно выделенное слово Арктика действительно выполняет роль приложения к существительному название, находящемуся внутри причастного оборота, и закрывать оборот перед этим приложением было бы странно. Ситуация, когда внутри причастного оборота необходимо поставить тире перед каким-либо коммуникативно выделенным словом, в справочниках не кодифицирована. Но, если перестроить предложение невозможно, тире (без запятой) представляется единственно приемлемым вариантом.

Деепричастие или деепричастный оборот не обособляются, если оказываются в ряду однородных членов предложения, выраженных другими частями речи. Поэтому дополнительные запятые в этом предложении не нужны.

Корректно: сеть Интернет (интернет).

Верно: стодевятнадцатиквартирный.