Вы имеете в виду программу проверки правописания, встроенную в Microsoft Word? Всецело доверять ей не стоит. Программа хороша для выявления описок, опечаток, которые трудно заметить при чтении текста с экрана, но, если речь идет о пунктуации или грамматике, особо полагаться на нее не следует.

Ответ, на который Вы ссылаетесь, очень старый, он, к сожалению, устарел. У лингвистов были разные взгляды на склонение слов с односложной основой типа кий, Бия (название реки). Современную орфографическую рекомендацию находим в академическом «Русском орфографическом словаре», ей соответствует и словарная статья академического орфографического ресурса. 

Это написание обычно запоминают как исключение. Крыжовник пишется с буквой о, как и другие существительные на -овник, производные от прилагательных с суффиксом -ов- / -ев-, ср. грушовник (от грушевый), борщовник (борщовый) и др. Однако в современном русском языке суффикс в слове крыжовник уже не выделяется.

Запятая факультативна, окончательное решение о ее постановке принимает автор текста. Но при этом практика письма показывает, что составной подчинительный союз из-за того что обычно расчленяется (т. е. запятая ставится между частями союза) и в начале, и в середине предложения. См. также «Справочник по пунктуации».

1. Корректно без запятых: внутримышечно два раза в день в течение 2–3 дней, применяют внутримышечно двукратно с интервалом десять дней между инъекциями.

2. Обособление оборота а в дальнейшем и передних возможно, если автор оценивает ее как присоединительную, т. е. вводящую дополнительную информацию, конструкцию.

Жители Сортавалы неправы. Название города – существительное первого (по школьной грамматике) склонения: Сортавала, Сортавалы, Сортавале и т. д. (См., например, словарь-справочник Е. А. Левашова «Географические названия», словарь Ф. Л. Агеенко «Собственные имена в русском языке», «Грамматический словарь русского языка» А. А. Зализняка и др. издания).

Приложение, присоединяемое словами по имени, по фамилии, по прозвищу и др., может выделяться запятыми (если нужно передать соответствующую интонацию). Если интонации обособления нет, запятые не ставятся. В приведенном Вами примере более вероятным представляется написание без запятых. Ср.: Мальчик этот, по имени Гумбольт, победил ведьму...

Как правило, местоимение указывает на ближайшее существительное соответствующего рода и в соответствующей форме. В данном случае это слово фильм. Однако фраза построена стилистически небезупречно, ее необходимо перестроить.

Возможный вариант: Сумасшедший, основавший свою киностудию, снял на ней фильм, который, однако, так и не был выпущен.