Верная пунктуация: Однако спустя некоторое время появилось новое пожелание Заказчика внести изменение в структуру кварталов, связанное с пожеланием отказаться от двух подземных уровней и выполнить парковку в виде частично надземного стилобата. Для постановки запятой после время нет оснований, так как спустя некоторое время — это не деепричастный оборот. Запятая после слова кварталов отделяет последующий причастный оборот.

Знаки препинания расставлены верно: О том, как отразилось в организме новотельных коров вскармливание им в сухостойный период добавки «Танамин Zn», включающей в себя лизин, метионин, хелатное соединение цинка и экстракт древесины сладкого каштана, можно судить по материалам, изложенным в данном разделе.

Запятая перед словом как разделяет части сложного предложения; запятая перед словом изложенным выделяет причастный оборот.

Запятая точно нужна после существительного оператора: здесь начинается определительный (причастный) оборот. Далее возможны варианты в зависимости от смысла: 
Вход посетитель должен производить только по команде оператора, обслуживающего аттракцион, после завершения очередного сеанса (посетитель производит вход после завершения очередного сеанса);
Вход посетитель должен производить только по команде оператора, обслуживающего аттракцион после завершения очередного сеанса (оператор обслуживает аттракцион после завершения очередного сеанса).

Запятая в заголовке нужна: она отделяет причастный оборот от определяемого слова. Если заголовок оканчивается причастным оборотом, то после него запятую ставить не нужно: Правила, сохраняющие жизнь. Заголовок, упоминаемый в тексте, заключается в кавычки — они являются сильным выделительным знаком, так что и в этом случае запятая после причастного оборота не нужна, например: Плакат «Правила, сохраняющие жизнь» кто-то убрал со стены.

В сочетании остальные указанные вами сервисы запятые не нужны. Причастный оборот указанные вами находится перед определяемым словом сервисы и не обособляется. Определение остальные относится к сочетанию причастного оборота и существительного (указанные вами сервисы) и не отделяется от него запятой. Случай аналогичен примерам из пункта 7 параграфа 10.1 Справочника Д. Э. Розенталя: заячий наполовину потёртый воротник; большой собранный автором материал и т. п.

В этих случаях причастный оборот однороден определению-прилагательному, а от определеяемого слова оно не отделяется, сравним примеры из параграфа 38 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина: Даже старые, серыми лишаями покрытые ветви деревьев зашептали о прошлых днях (М. Г.); Нет, не только во сне плачут пожилые, поседевшие за годы войны мужчины (Шол.) и т. д.

В предложении нужно выделить причастный оборот, стоящий после определяемого слова: Подрядной организацией в помещениях института, расположенных по адресам ул. Большая Академическая и пр-т Мира, проводится замена окон. Обороты ул. Большая Академическая и пр-т Мира можно рассматривать как однородные несогласованные определения к слову адресам и пунктуационно от него не отделять. Обратите внимание: слова улица и проспект нужно дать в одинаковой форме — или сокращенной, или полной.  

Действительно, в данном случае вводная конструкция, указывающая на источник сообщения, включает причастный оборот: по гипотезе, предложенной учеными. Знаки препинания внутри вводных конструкций ставятся на общих основаниях. Если автору или редактору представляется, что использование запятых делает предложение недостаточно ясным по смыслу, вводную конструкцию можно оформить как вставку: Примечательно, что гибель Содома — по гипотезе, предложенной учеными, — может быть связана со взрывом астероида над городом Телль-эль-Хаммам.

Причастный оборот выданные за счет имущества ПИФ, находящийся после определяемого слова займы, нужно выделить запятыми. При этом приведенный пример не является предложением. Судя по всему, это заголовок, состоящий из двух частей, которые нужно отделить друг от друга точкой или двоеточием:

• Займы, выданные за счет имущества ПИФ. Порядок учета и определения справедливой стоимости;
• Займы, выданные за счет имущества ПИФ: порядок учета и определения справедливой стоимости.