Верно: задолженность по пене. В дательном падеже слово пеня имеет окончание -е. Обратите внимание, что в значении 'штраф' это слово обычно употребляется во множественном числе, корректный вариант: задолженность по пеням.
Выражение настроить под себя широко используется, особенно в разговорной речи. Технические контексты — весьма распространенное «поле» применения этого оборота, отличающегося по своему значению от предложенных вариантов. Строго говоря, вопрос заключается не в общей стилистической оценке выражений настроить под себя, подобрать под себя, адаптировать под себя, а в том, уместны они или нет в конкретном высказывании (тексте). Как представляется, обсуждаемому высказыванию не свойственны приметы разговорности, а следовательно, сочетание под себя лучше заменить стилистически нейтральным.
Трудовой кодекс не регламентирует правила русского языка. Мы считаем, что в этом случае в Трудовом кодексе допущена речевая ошибка.
В значении "после окончания" правильно: по окончании.
Правильно: по достижении цели (в значении «после достижения»).
См. «Горячие вопросы».
См. «Горячие вопросы».