Между второй и третьей частью следует поставить двоеточие, поскольку третья часть поясняет то, о чем говорится во второй: Вспоминаю, как он сидел в классе после этого сообщения: его качало во все стороны.

Допускается заменить двоеточие на тире, запятая перед ним не нужна.

Запятая после обстоятельственного сочетания на основании приказа факультативна. В данном случае без запятой непонятно, к чему относится сочетание в целях совершенствования процедур входного контроля — к слову приказа или к слову приказываю. Если верен последний вариант, то запятую нужно поставить во избежание разночтений.

Определение более спокойной находится в пояснительных отношениях с  определением будущей, и перед ним нужно поставить запятую: ...терпение — это ключ к будущей, более спокойной жизни. См. параграф 41 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Нужно поставить и запятую, и тире. Запятая закрывает причастный оборот в первой части бессоюзного сложного предложения, тире ставится перед второй частью, поясняющей первую. Заметим, что при таких отношениях частей предпочтительно двоеточие: Потому выработали стратегию, позволяющую этого избежать: из каждого заказа отжимаем максимум.

В самостоятельно употребляемых предложениях с отсутствующим сказуемым, не восстанавливаемым из контекста, может ставиться тире. Такие предложения расчленены паузой на два компонента — обстоятельственный и подлежащный. Однако при отсутствии паузы и логического ударения на обстоятельственном члене предложения тире не ставится.

В данном случае мы рекомендуем поставить тире.

По основному правилу тире не требуется. Однако его можно поставить, если контекст предполагает структурный параллелизм или противопоставление, которые сопровождаются в устной речи интонационным выделением (ударением) обоих членов предложения, например: Они были очень разными. Анри – мрачный, пасмурный. А Люси – солнечная. Также возможна постановка интонационного тире.

Запятые расставлены верно, а вот после цифр, с помощью которых нумеруются части перечня, нужно поставить не скобку, а точку, поскольку каждый пункт начинается с прописной буквы и оканчивается точкой:

Что делаем сегодня?
1. Подумаем, зачем мы вообще сегодня здесь собрались.
2. Узнаем, что такое референс-менеджеры...

Ваш вариант пунктуации возможен. Если обстоятельство за этой башней является общим, т. е. Нижние ворота, как и башня Нижних решеток, находятся за первой из названных башен, то запятая перед союзом и на границе частей сложного предложения не нужна. Если же нет, то запятую нужно поставить.

Деепричастный оборот не обособляется, если выступает в качестве однородного члена предложения с необособленным обстоятельством. Однако в Вашем случае обстоятельство в связи с вышеизложенным может обособляться. Кроме того, запятая требуется для смыслового выделения достаточно длинного деепричастного оборота. Поэтому мы рекомендуем поставить запятую после слова дисциплины.