Ваш вариант расстановки знаков препинания корректен.

Правильно: управляющий филиалом. После слов заведующий, управляющий, командующий существительные ставятся в творительном падеже.

Как правило, в прилагательных с суффиксами -ан-, -ян- отсутствует беглая гласная основы существительных, от которых образованы эти прилагательные: лен – льна – льняной. Но лед – льда – ледяной представляет исключение.

Местоимение вас не обособляется, оно пишется с прописной буквы при вежливом обращении к одному лицу и со строчной – при обращении к нескольким лицам.

Запятая может быть поставлена автором при интонационном обособлении определения.

Да, окончание -е – типичное окончание предложного падежа для существительных второго (по школьной грамматике) склонения. Однако у некоторых слов (их не больше 100) в предложном падеже встречается окончание -у (как правило, в обстоятельственном значении места, реже состояния или времени действия): в лесу, на мосту, на берегу, в носу и др. Это так называемый местный падеж (локатив) – одно из подзначений предложного падежа. В изъяснительном значении предложного падежа у таких слов употребляется окончание -е, ср.: говорить об аэропорте (изъяснительное значение) – находиться в аэропорту (местное значение), вспоминать о доме – работать на дому.

Это происходит потому, что правила склонения фамилий – один из наиболее сложных разделов русской грамматики (главным образом ввиду разветвленности самой системы имен и фамилий). Этим правилам уделяют недостаточно времени в школе на уроках русского языка, хотя вопрос «Склоняется ли моя фамилия и как?» встает практически перед каждым носителем фамилии, не оканчивающейся на -ов(а) или -ин(а). Отсюда столько вопросов на эту тему (в том числе в нашем «Справочном бюро» – ежедневно) и столько ошибок. Не застрахованы от ошибок и работники официальных органов, учреждений образования и др. организаций, выдающих документы гражданам.

Тем не менее, если Вы откроете любой нормативный грамматический справочник, Вы прочитаете правило: склоняются мужские и женские фамилии, оканчивающиеся на -а, -я, которым предшествует согласный (кроме французских с ударением на последнем слоге типа Дюма, Золя). Фамилия Воевода – не исключение.

Это слово образовано по аналогии со словами, называющими представителей течений ислама: шииты, сунниты, алавиты, хариджиты и др. Иными словами, слово  ваххабиты образовано по продуктивной модели.

Думаем, что выделение двух приставок вполне логично.

Написание Паралимпийские игры (закрепленное нормативными актами, но противоречащее орфографической норме) обусловлено влиянием написания в английском языке: Paralympic Games. См. также заметку Марины Королёвой об этом слове.