Орфографически верны такие варианты поздравления:

• с праздником Светлой Пасхи! (но: со светлым праздником Пасхи!);
• со Светлым Христовым Воскресением! (но: со Светлым воскресеньем!) – в первом случае имеется в виду название празднуемого события; во втором случае – день недели (воскресенье), ср.: Чистый четверг, Великая суббота. 
• с Пасхой (Пасхой Господней, Пасхой Христовой), со Святой Пасхой!

Запятая нужна. Она ставится между главным и придаточным предложением в составе сложноподчиненного. При этом в главной части предложение неполное (подразумевается: с того момента). В справочнике Д. Э. Розенталя «Пунктуация» предложениям такого типа посвящен отдельный пункт, ср. примеры из справочника: Вот уже два года, как мы женаты. Уже месяц, как он вернулся с юга. Уже три недели, как мы здесь.

Да, деепричастный оборот здесь употреблен правильно. 

Употребление деепричастного оборота, не выражающего действия подлежащего, возможно в безличном предложении при инфинитиве, например: Приходилось работать в трудных условиях, не имея в течение многих недель ни одного свободного дня для отдыха. Если же в безличном предложении нет инфинитива, к которому мог бы относиться деепричастный оборот, то употребление последнего стилистически неоправданно, например: *Уезжая из родного города, мне стало грустно; *Прочитав вторично рукопись, редактору показалось, что она нуждается в серьезной доработке.

Нет необходимости в постановке двоеточия в данном случае.

Надзиратель положил пакет на стол со словами "Знаю, что там написано", а сопровождавший меня жандарм сделал под козырек и, кивнув мне головой "До доброго свидания!", вышел из прихожей.

Действительно, сочетание в День России является пояснением по отношению к сочетанию 12 июня. Именно поэтому его нужно выделить запятыми, как указано в справочниках, например в полном академическом справочнике «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина.

Усилительная частица ну не обособляется.

Как ни удивительно, нормативными словарями такое прилагательное на зафиксировано, однако в разного рода специальных текстах оно нередко употребляется в качестве термина: ...потребует единовременного полнообъемного и дорогого ремонта в несколько сотен долларов и разборки половины машины [Владимир Салмин. Борьба под капотом. При прохождении техосмотра водителей ждут «приятные» сюрпризы (2002) // «Известия», 18.02.2002]; Это полнообъемная диссертация, в которой собран большой текстологический материал, разобраны все законы библейские, все сопутствующие народные обычаи и все реалии [митрополит Питирим (Нечаев). Русь уходящая (1993-2003)]; Подпись: "Полнообъемные творческие отпуска от двух недель (рассказ-новелла) до одного года (роман, трилогия)" [М. А. Булгаков. Мастер и Маргарита, часть 1 (1929-1940)] и т. п.

В параграфе 115 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина говорится, что запятая между главной частью и придаточной, присоединяемой простым союзом или союзным словом, не ставится, «если придаточная часть, благодаря союзам и, или, включается в ряд однородных членов: Во время работы и когда вышел фильм, я не очень-то разобрался в нем (газ.); И вспомнил незабвенный «Фрегат «Палладу» и как Григорович вкатился в Париж лет восемьдесят назад! (Булг.); Ему вдруг захотелось тепла и чтоб зима тоже была теплая (Ард.); Приезжай через неделю или когда тебе захочется». Как видим, по этому правилу запятая не нужна.