Да, запятые расставлены правильно.
Возможны варианты: Неправильно указана серия или номер паспорта; Неправильно указаны серия или номер паспорта.
Верно написание через дефис: ID-номер.
К сожалению, правила недостаточно четко регламентируют данную ситуацию. При прямой речи, стоящей после слов автора и заканчивающейся вопросительным знаком, восклицательным или многоточием, точка не ставится (см. оформление примеров в § 196 Правил 1956 года). Однако Ваш пример ближе к предложениям, в которых при разных знаках внутри кавычек и в конце всего предложения, знак конца предложения все же ставится. Приведем правило из Полного академического справочника под ред. В. В. Лопатина (§ 159): «если перед закрывающей кавычкой стоит знак вопросительный, восклицательный или многоточие (и на этом предложение заканчивается), то те же знаки, необходимые по условиям всего предложения, не повторяются после закрывающей кавычки; неодинаковые знаки (перед кавычкой и после кавычки) ставятся». Ср. примеры:
Вы читали роман «Кто виноват?»
Неужели вы не прочитали роман «Что делать?»!
Сочетание внутренний номер корректно.
Оба варианта возможны.
Запятая ставится.
Эти слова нужно выделить запятыми.
Дополнительные знаки препинания не нужны.
Запятую нужно поставить. Но лучше перестроить предложение: Средства материнского капитала могут быть направлены не только на улучшение жилищных условий, но и на оплату образования.
