Артемий Лебедев абсолютно прав в том, что писать вы с большой буквы при обращении к нескольким лицам недопустимо. Написание Вы в названии магазина «Все для Вас» и в рекламных словах «...потому что Вы можете себе это позволить» – орфографическая ошибка.

Однако слова Артемия Андреевича «Вы всегда пишется с маленькой» излишне категоричны. Словари и справочные пособия по правописанию рекомендуют писать Вы для выражения вежливого обращения к одному лицу в текстах следующих жанров: а) личные письма; б) официальные документы, адресованные одному лицу (заявления, служебные записки и пр.); с прописной Вы также пишется в анкетах. Подробнее о рекомендациях словарей и справочников см. в «Письмовнике».

Если предложение нельзя редактировать, то нужно разделить его на два: Поэтому надо правильно понимать: ты работаешь в «Метрополисе», или «Пятёрочке», или другой организации. Не путаться самому и не путать других.

Ю. А. Бельчиков в книге «Практическая стилистика современного русского языка» отмечает, что слово девчата употребляется с собирательными числительными и приводит пример в именительном падеже: трое девчат. Сочетаемость в косвенных падежах не оговаривается, но грамматическая логика подсказывает, что в этих случаях слово девчата должно сочетаться с количественными числительными, как и другие слова, употребляющиеся только во множественном числе. Это подтверждается данными Национального корпуса русского языка. Приведем несколько примеров: 

Не дураки же они в самом-то деле, чтоб от четырех девчат да старшины с наганом в леса шарахаться… [Б. Васильев. А зори здесь тихие (1969)]

А случалось и так, что, придя утром на курсы, Нюша недосчитывалась на занятиях двух-трех девчат. [А. Мусатов. Земля молодая (1960)]

У ворот стоял Юрка с другим парнем и двумя девчатами. [В. Вересаев. Сестры (1928—1931)] 

Точно объяснить разницу вне контекста сложно, окончательный выбор делает автор текста.

Но, например, такая ситуация. Человеку сначала говорили, что незнакомая девушка красивая, а потом кто-то однажды заметил: "Она скорее привлекательная, а не красивая". И тогда человек переспросит: "Она действительно не красивая?" Здесь отрицается красота, частица не пишется отдельно.

А если человек в магазине выбрал супницу в подарок, и его друг говорит: "Эта супница некрасивая, просто уродливая, лучше ее не покупать и никогда никому не дарить". И тогда человек повернется к стоящей рядом женщине, которая точно разбирается в посуде, и спросит: "Она действительно некрасивая и уродливая?" Здесь утверждается отрицательный признак, прилагательное с не можно заменить синонимом без не, поэтому верно слитное написание.

В целом слитное написание используется чаще.

При логическом выделении, подчеркивании частица «пожалуйста» может употребляться в сочетании с «и», в этом случае слова «и пожалуйста» обособляются, но между ними знак препинания не ставится.

При магазине закусочная, купил, что тебе надо, и пожалуйста: хочешь – пей рюмку, хочешь – жаркое, хочешь – пивка (В. Гроссман, Жизнь и судьба); А с другой стороны – они хотели быть летчиками – и пожалуйста – летают (Е. Гришковец, ОдноврЕмЕнно).

Не ставится запятая между частями междометного выражения «скажи(те) пожалуйста» 

«И неужели в совершеннейшем бреду? Скажите пожалуйста!» – с каким-то бабьим жестом покачал головою Порфирий (Ф. Достоевский, Преступление и наказание); …Как он прост – это маленькое дитя! Какое недоумение, скажите пожалуйста! (Н. Чернышевский, Что делать?). 

Правила русского языка не регламентируют ударения в искусственно образованных условных названиях, лучше спросить у владельцев компании.

Да, запятые нужны: Один из братьев, Миша, заведует магазином.