Процесс «срастания» нескольких морфем в одну морфему называется опрощение. Опрощение не происходит одномоментно: вчера были приставка и корень, а сегодня стали одним корнем. Поэтому на вопрос, в какой момент произошло опрощение в том или ином слове, ответить в принципе невозможно. Язык меняется постепенно, со сменой поколений его носителей.

Кое-кто (в основном люди постарше и начитанные дети), конечно, чувствуют связь слова недоразумение со словами ум, разум, знают о существовании приставки недо- (которая, кстати, тоже появилась в результате опрощения). Но чтобы выделить корень и подобрать однокоренные слова, недостаточно просто найти слова с похожими звуковыми фрагментами, нужно еще объяснить связь по значению. Иначе говоря, общий корень – это еще и общий семантический компонент. Слова дом, домовой, домик, домишко обладают общим корнем дом, т. к. тем или иным способом соотносятся по значению со словом дом: домовой – добрый или злой дух, живущий в доме, домик – это маленький дом и т. д.

Значение слова недоразумение трудно свести к разуму. Вот словарные толкования: 1) ошибочное, неполное понимание чего-л.; то, что произошло в результате такого понимания; 2) отсутствие взаимного понимания, несогласие; конфликт. А слово разуметь, как Вы правильно заметили, не является частотным в языке. Утрата языком производящего или однокоренного слова, наряду с утратой смысловых связей между когда-то однокоренными словами, часто становится причиной опрощения.

То, что часть носителей языка еще ощущает смысловую и структурную связь слов разум, ум, разуметь, разумение, недоразумение, говорит о том, что процесс опрощения еще не завершен. 

Запятая нужна: соответственно в знач. 'следовательно, значит' обособляется как вводное.

Верно:

изнеможённый; кр. ф.  -ён, -ена и (выражающий изнеможение) -ён, -ённа

измождённый; кр. ф.  -ён, -ена и (выражающий измождение) -ён, -ённа (её лицо измождённо)

Мекка – существительное женского рода. Так что ошибки нет.

Это выражение не соответствует литературной норме. Наказать означает 'подвергнуть наказанию', а наказание – 'мера воздействия, применяемая к кому-либо за какую-либо вину, проступок, преступление'. Наказать можно провинившегося, но саму вину наказать нельзя.

Запятые не нужны.

Корректно: Вы можете отправить документы в чат, и мы их передадим. Мы также заинтересованы в том, чтобы вы прошли проверку, и всегда готовы к диалогу. Пожалуйста, уточните: когда вы звонили на горячую линию и вам предоставили такой ответ? Им была передана информация от вас, и на данный момент обращение рассматривается.

Знаки препинания в предложении расставлены корректно. 

Между однородными придаточными, соединенными одиночным союзом и, запятая не ставится (см. параграф 119 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина), указанные в скобках запятые не нужны.

Поизносить этот греческий по происхождению термин (оксю́морон, окси́морон) всегда рекомендовалось с ударением на втором слоге, как и было в первоисточнике.