Строго говоря, названия компаний пишутся "буква в букву" так, как это делается в официальных (уставных) документах, в них и нужно заглянуть в случае возникновения сомнений.
Но если не принимать в расчет это обстоятельство, то вполне логичным будет написание через тире: "Россия – Петербург", "Интерфакс – Липецк".
Орфографическая разница связана с суффиксом первой части. Слово плодово-ягодный пишется по правилу: сложные прилагательные с сочинительным отношением основ и суффиксом в первой части пишутся через дефис, см. также здесь. Слово плодоягодный из словарной области, так как суффикса в первой части нет, см. также здесь.
В «Правилах русской орфографии и пунктуации» 1956 года, которые Вы цитируете, пояснительный составной союз как то написан через дефис. Но норма изменилась. В «Полном академическом справочнике» 2006 года этот союз был зафиксирован в раздельном написании, что позволило орфографически отличать его от неопределенного местоимения (наречия) как-то.
Словарная фиксация: мясо-костный. См.: Русский орфографический словарь РАН / Под ред. В. В. Лопатина, О. Е. Ивановой. – 4-е изд., испр. и доп. – М., 2012. Такое написание соответствует правилу: пишутся через дефис прилагательные, образованные из двух или более основ слов, обозначающих равноправные понятия (мясо и кости).
Дефисное написание конфетки-бараночки определяется следующим правилом:
«Пишутся через дефис сочетания соотносительных или близких по значению слов, напр.: грусть-тоска, путь-дорога, житьё-бытьё, гуси-лебеди, овощи-фрукты, хлеб-соль, ёлки-палки, кошки-мышки (игра), ложки-вилки, руки-ноги, один-единственный, жив-здоров, подобру-поздорову, нежданно-негаданно, худо-бедно, любо-дорого, шито-крыто, ходит-бродит, жили-были, пить-есть, поить-кормить, то-сё, так-сяк, туда-сюда».
Такие переносы крайне нежелательны. При переносе может потеряться различие между написаниями слов слитно и через дефис; ср.: военно-обязанный (пишется военнообязанный) и военно-морской (пишется военно-морской). Для сохранения различия надо во втором случае повторить дефис в начале перенесенной части: военно-/-морской. Это правило применяется по желанию пишущего.
Если речь идет о мини-холодильнике, который служит витриной, верно написание через тире: мини-холодильник — витрина. Это сочетание с приложением, одна из частей которого содержит дефис (см. пункт 2 параграфа 154 полного академического справочника «Правила русской орфографии и пунктуации» под ред. В. В. Лопатина).
Нормативными словарями современного русского языка это слово пока что не зафиксировано. Если ориентироваться на закрепленное словарями написание нон-фикшен, то логично и интересующее Вас слово писать через дефис (фан-фикшен), однако в практике письма гораздо более частотно слитное написание (фанфикшен), которое также не противоречит базовым правилам.
Если указываются несколько номеров через запятую, то перед ними ставится один знак номера (№), а не два (№№). Это правило можно найти в § 6.4.2 ("Знаки №, %, §, ° в тексте") "Справочника издателя и автора" А. Э. Мильчина и Л. К. Чельцовой.
