Правильно: не делает того, что хочет. Подробные рекомендации по выбору падежа при отрицании см. в «Письмовнике».

Да, кавычки сохраняются: 1. Он состоит в банде "Крысы", поэтому он "крыса". 2. В передаче "Молодые ножи" участники готовят разнообразные блюда. Каждый "нож" выкладывается по полной.

Корректны первый и третий из приведенных вариантов.

Варианты оформления предложения: 1) Думали и гадали: кто нас повезет?; 2) Думали и гадали, кто нас повезет.

Да, ответ может быть внятным. См. в словарях, размещенных на нашем портале: 1. Ясно различимый, хорошо слышимый, отчётливый. В-ое чтение. 2. Вразумительный, ясный, понятный. В. ответ. Не добиться ни одного внятного слова. 

Терминологическое сочетание мужского рода в этих предложениях играет роль именной части составного именного сказуемого: Слово «день» мужского рода. В параграфе 5.10 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя указано, что в таких случаях тире обычно не ставится (сравним приводимые там примеры, подобные Вашему: Небо без единого облачка; Люди здесь необыкновенной доброты), однако существуют условия для его постановки, например логическое и интонационное членение предложения или параллелизм строения его частей, сравним: Слово «день» — мужского рода, а «ночь» — женского.

Если пишущий решил поставить логическое ударение на сочетании автор предложенного текста, а имени собственному придать уточняющий характер, то это имя собственное нужно обособить с помощью тире или запятой (см. пункт 2 параграфа 63 «Полного академического справочника» под ред. В. В. Лопатина). В общем случае обособление не нужно (см. пункт 1 того же параграфа). 

Правильны оба варианта.

Тире не требуется: едва ли предложение можно прочесть с паузой после союза если (см. параграф 6.5 справочника по пунктуации Д. Э. Розенталя).

В слове два суффикса — -ифик- (с чередованием к/ц)  и -ациj-. Суффиксы  выделяются при сопоставлении, например, таких слов:

1. электрификация — электрифицировать

    агитация — агитировать

2. электрификация — электричество

    газификация — газ