Вы обособили правильно (с помощью тире с двух сторон выделяется приложение с пояснительным значением).

Оба варианта верны. Слово микроб может употребляться и как одушевленное, и как неодушевленное существительное.

Антипословица – краткое изречение (зачастую юмористического характера), представляющее собой искажение какой-либо обычной, хорошо всем известной пословицы (путем замены одного или нескольких компонентов пословицы, соединения частей разных пословиц и т. п.). Например: Отчисление – мать учения (вместо Повторение – мать учения), Путина бояться – в сортир не ходить (вместо Волков бояться – в лес не ходить; фраза отсылает к ставшему крылатым выражению В. В. Путина мочить в сортире), Не плюй в колодец: вылетит – не поймаешь и т. п.

Употребление корректно. Такая поговорка действительно существует (нам приходилось слышать ее в таком варианте: являются только черти), этим хотят сказать, что использование глагола являться не всегда может быть уместно. Являться в значении 'быть, представлять собой' широко употребительно в канцелярской, деловой, а также в научной речи, поэтому в живой разговорной речи, при непринужденном общении, употребление этого глагола не всегда оправданно, он может придавать словам говорящего ненужную громоздкость, тяжеловесность, официоз (например, приведенное Вами предложение в живой речи лучше звучало бы так: материал... разработан современными учеными). Но не следует воспринимать эту поговорку как категоричный запрет на употребление глагола являться, всячески избегать этого слова тоже неправильно.

В смысле "хорошо, когда есть куда отправиться"?  Запятая не нужна.

Всё верно.

В данном случае обособление или необособление зависит от воли автора текста - считать ли оборот уточняющим или нет, обособлять интонационно или нет.

Знаки препинания расставлены правильно.

Использование бессоюзной связи в данном случае не выглядит удачным. Более уместным будет (в зависимости от контекста, который здесь не приведен) либо прояснить отношения частей с помощью союза, либо оформить части как самостоятельные высказывания:

• Если вам разрешили пользоваться телефонами, это хорошо.
• Вам разрешили пользоваться телефонами. Это хорошо.

Бессоюзие может быть использовано при параллельном строении частей и сопоставительных отношениях между высказываниями:

• Всё п росто: вам разрешили пользоваться телефонами — это хорошо, вам запретили телефоны — это плохо.