Да, первое слово в официальном названии организации пишется с большой буквы (в данном случае это слово Центр).
Корректно: МОЛКОМ стал или компания МОЛКОМ стала...
Честно говоря, не видим ошибки в этой фразе. Разве что теоретически возможно ее неоднозначное прочтение: тепло и уют подарены окнами или окна подарены теплом и уютом? Рекомендуется избегать такого построения фразы, когда можно перепутать подлежащее и дополнение. Возможно, это имел в виду учитель?
В справочниках можно найти лишь информацию о постановке знаков препинания при союзе в том числе в случаях, когда союз имеет значение ‘включая что-либо, кого-либоʼ и начинает присоединительный оборот, то есть когда в предложении названо то целое, частью которого является присоединяемое с помощью в том числе. Случаи, когда союз лишь показывает, что помимо того, о чем говорится в предложении, подразумевается что-то еще (то есть ‘не только, но и’), в справочниках не рассмотрены. Об этом пишет М. М. Харченко в статье, посвящённой нерешённым проблемам современной пунктуации. В статье приводятся примеры из текстов публицистического и официально-делового стилей, аналогичные приведённым Вами. Судя по ним, в практике письма встречаются разные варианты постановки знаков препинания при таком «самостоятельном» в том числе.
Очевидно, здесь играет роль не само по себе наличие в том числе, а какие-то другие факторы. Так, в первом из примеров логическое ударение несёт на себе сочетание снижает эффективность работы указанных сотрудников, а то, что начинается с в том числе, служит добавочным замечанием, то есть представляет собой присоединительный оборот: ...текущий размер мониторов снижает эффективность работы указанных сотрудников, в том числе при выполнении ими ключевых задач предприятия. Во втором же примере логическое ударение приходится на часть, которая начинается с в том числе (и), что не предполагает обособления оборота: ...уничтожение молодых зеленых насаждений происходит в том числе и по причине чрезмерной охоты на хищников.
Отметим, что употребление оборота с «самостоятельным» в том числе во многих случаях выглядит стилистически неудачным – см., например, ответ на вопрос 308092.
Предложение построено не вполне корректно. В частности, слова помимо того что не подходят по смыслу. Слова все же не обособляются.
Возможный вариант: Сразу скажу: несмотря на то, что в этой мировой паутине кроется масса разочарований и неприкрытых (или прикрытых) обманов, заработать в интернете все же можно.
Ставятся обе запятые.
Правило таково. В названиях, начинающихся с географических определений, географическое определение пишется с прописной буквы, если входит в состав официального названия, и со строчной, если не входит в состав названия. Если слово омский – первое слово официального полного названия, его надо писать с большой буквы.
Правильно: Во-первых, потому, что... Наличие перед составным подчинительным союзом вводного слова — одно из условий его расчленения (постановки запятой между частями союза).
Наречие в целом не требует постановки знаков препинания.
См. в «Словаре трудностей».