На наш взгляд, при твоем-то весе в этом предложении можно рассматривать как присоединительную конструкцию (которая включается в высказывание без союза). Присоединительные члены предложения выделяются запятыми или тире.

В обоих случаях не нужна запятая: оборот с союзом "как" тесно связан по смыслу со сказуемым (без этого оборота смысл предложения теряется).

Слова лояльность, лояльный могут употребляться без уточнения, по отношению к кому человек лоялен. Однако значение этого слова не соответствует тому, которое Вы указали.

Запятая нужна, это сложное предложение с двумя грамматическими основами (деньги перечисляются и публикация оплачивается).

Правильно: семпл (это слово уже зафиксировано словарями русского языка). Написание Е вовсе не означает, что согласный С произносится мягко. Не в начале корня после букв, передающих твердый согласный, в словах иноязычного происхождения, как правило, пишется буква Е (ср.:  бизнес, бренд, коттедж, партер, стенд, инерция); буква Э пишется только в немногих нарицательных существительных, таких как мэр, мэтр, пленэр, пэр, рэкет, рэп, сэр и некоторых других словах (преимущественно узкоспециальных), их круг определяется орфографическим словарем.

Словари русского языка указывают на допустимость обоих вариантов: витражи и витражи. При этом в одних словарях эти варианты даны как равноправные, в других указано, что вариант витражи устаревает и предпочтительно все же: витражи.

Ведущий принцип русской пунктуации — синтаксический (формально-грамматический): знаки препинания отражают прежде всего структуру предложения. Вообще говоря, поскольку интонация (те самые «паузы и ударения» из Вашего вопроса) тоже связана со структурой предложения, знаки препинания часто передают и интонацию. Однако если синтаксический принцип вступает в противоречие с интонационным, побеждает синтаксический. Следовательно, запятая после союза как нужна, даже если на этом месте при чтении нет паузы: это часть парной запятой, выделяющей вводную конструкцию я думал: Всë оказалось не так, как, я думал, окажется. 

Сделаем проверку, изъяв вводную конструкцию из предложения: Всë оказалось не так, как окажется. Структура действительно не нарушена, с формальной точки зрения это правильно построенное предложение. Правда, с точки зрения смысла это предложение дефектно, и если нет задачи передать чьи-то слова без изменений, то предложение нужно отредактировать. Проще всего это сделать путём вычеркивания слова окажется. Тогда я думал будет уже не вводной конструкцией, а придаточной частью сложноподчиненного предложения, то есть займет то место, которое до редактирования занимала словоформа окажется: Всë оказалось не так, как я думал.