Правильно: Однако перечень, сформированный в подпункте 19.6 НК РФ, не соответствует перечню организаций, указанных в подпункте... 

Запятая перед тире требуется, поскольку сочетание до 39 долларов за баррель — пояснение к сочетанию на 3 %.

Для указания диапазона используется тире (–) без пробелов: 5–7 %, пн.–вт., 19:00–20:00.

Слово номинант появилось в русском языке сравнительно недавно — в начале 90-х годов ХХ века. Рассказывая об участниках различных конкурсов, о претендентах на звание, титул или какую-либо награду, СМИ сразу же дали повод для обсуждения интересной грамматической коллизии: одного и того же участника могли именовать номинантом на премию и номинантом премии. Словари неологизмов зафиксировали эту вариантность (см., в частности: «Новые слова и значения: словарь-справочник по материалам прессы и литературы 90-х годов ХХ века»; СПб.; 2014). Спустя три десятилетия не можем не заметить: два варианта словосочетаний встречаются в текстах, посвященных, как правило, премиям. В других случаях, когда речь идет о званиях или титулах, номинанты имеют предлог на. Безусловно, здесь необходимы уточнения, на что, кстати, есть надежда, потому что слово номинант активно употребляется в современной речи. В заключение констатируем: в жизни неологизма могут происходить не всегда предсказуемые события, отнюдь не всегда лексические и грамматические особенности новых слов могут расцениваться по критерию «верно — неверно», напротив, они привлекают внимание и даже могут представлять собой исследовательский материал.

Поскольку в п. 1 речь идет о схеме расположения, то корректно: указанной. Однако предложение следует переформулировать, покольку при таком порядке слов (Образовать земельный участок из земель, государственная собственность на которые не разграничена, площадью 1822 кв.м, в соответствии со схемой расположения земельного участка на кадастровом плане территории, указанной в пункте 1 настоящего постановления) оказывается, что определительный оборот относится к слову территория. Кроме того, формулировка п. 1 грамматически бессмысленна. 

Между этими фактами нет никакого противоречия. Во-первых, в сводах правил правописания приводятся примеры и разговорных слов, т. к. их правописание тоже должно быть кодифицировано. Во-вторых, слова, которые 100 лет назад были стилистически нейтральными, в современном русском языке вполне могут оказаться разговорно-просторечными. И наоборот, варианты, которые сто лет назад считались ошибочными, в наши дни могут быть фактами литературного языка, ведь язык постоянно меняется.