В словарях русских личных имен (см., например: Суперанская А. В. Словарь личных имен. М., 2013) указывается, что это варианты одного и того же имени. Даниил – церковная форма, Данила – гражданская (светская). Но юридически это разные имена: если у человека в одних документах имя будет указано как Данила, в других – как Даниил, придется доказывать, что речь идет об одном человеке. Написание должно быть единообразным.

Да, верно: музею было присвоено имя А. П. Чехова.

Если ударение в имени падает на последний слог, правильно: Дария – Дарие. В противном случае: Дарии (как Марии).

Да, в официально-деловых документах допускается сокращение слова «имени» до «им.».

Данная грамматическая проблема описана в «Словаре собственных имен русского языка» Ф. Л. Агеенко, см. п. 5.

Приложение, присоединяемое словами по имени, по фамилии, по прозвищу и др., может выделяться запятыми (если нужно передать соответствующую интонацию). Если интонации обособления нет, запятые не ставятся. В приведенном Вами примере более вероятным представляется написание без запятых. Ср.: Мальчик этот, по имени Гумбольт, победил ведьму...

Верно: Уж ты сад, ты мой сад...

Существительное пограничье относится ко 2-му склонению. Оно стоит в форме предл. падежа ед. ч. В этой форме существительные 2-го склонения имеют окончание -е. Ср.: на столе, на копье. Поэтому корректно: на дальнем пограничье.

Однако отметим, что в художественной, особенно поэтической, речи  (обычно при предлоге в) допускается написание форм предл. п. существительных сред. рода на -ье с окончанием -и, напр.: В молчаньи шел один ты с мыслию великой (П.); Подвиг есть и в сраженьи, / Подвиг есть и в борьбе. / Высший подвиг — в терпеньи, / В любви и мольбе (Хом.); И снег соперничал в усердьи/ С сумерничающею смертью (Б. Паст.). Под ударением окончание предл. п. -и отмечается только у одного слова на -ье: забытьё — в забытьи́. См. Правила русской орфографии и пунктуации. Полный академический справочник / Под ред. В. В. Лопатина. М., 2006.