К сожалению, в формате «Справочного бюро» нет возможности объяснить постановку каждого знака препинания в целых абзацах.

Правилен второй вариант. 

Верно: сотрудник базы-филиала (находится на рабочем месте).

Верно: используется. Запятая после культур не требуется.

Знаки препинания расставлены верно.

Да, в этом случае буквенные наращения нужны.

Корректно: ...набор учащихся в 9-е классы или набор учащихся, окончивших 9-й класс.

Когда он увидел балет – это придаточное. Но такое, изъятие которого из предложения невозможно без нарушения его структуры. Поэтому запятая не ставится (см. «Правила», § 142). Ср.: ...французский посол писал, что, когда он увидел балет, был потрясен талантом крепостных людей.

Ответом на Ваш вопрос могут служить следующие слова из предисловия к «Русскому орфографическому словарю»: «Наряду с активной общеупотребительной лексикой в словарь включаются просторечные, диалектные (областные), жаргонные, устарелые слова, историзмы – в той мере, в какой эти категории слов отражаются в художественной литературе, в газетно-публицистической и разговорной речи».

Иными словами, просторечная лексика встречается в «Русском орфографическом словаре» (на нашем портале представлена электронная версия, в печатном издании тоже есть слово покласть), ибо ее написание тоже должно быть кодифицировано: такие слова могут употребляться в художественной литературе как изобразительное средство. И действительно употребляются:  Неужели же он и навоз-то на воза покласть не может? (А. Сухово-Кобылин, Свадьба Кречинского); Голову свою покласть, но вы у меня будете жить хорошо (В. Шукшин, Калина красная). Кроме того, некоторые слова, ныне относимые к просторечию и диалектизмам, прежде входили в состав литературного языка, их можно обнаружить в произведениях писателей-классиков.

Отметим: вопрос о том, в какой мере должны (и должны ли) быть представлены в нормативном орфографическом словаре просторечные, диалектные, жаргонные слова, является дискуссионным в современной лексикографии. Высказываются полярные мнения: либо словарь должен регламентировать только правописание слов, составляющих ядро литературного языка, либо он должен максимально охватывать языковые единицы, в том числе находящиеся за рамками литературного языка (орфографический словарь – не справочник по стилистике, просторечные, жаргонные слова, профессионализмы, диалектизмы – тоже факт языка, их написание тоже должно быть регламентировано).