В этом предложении при существительном Петербург имеется два приложения и одно согласованное определение, все вместе образующие ряд. Элементы этого ряда можно перечислить через запятую, а можно какую-то часть ряда отделить более сильным знаком тире, подчеркнув его самостоятельность:

...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга — его родного города, любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов;
...Петербурга, его родного города — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к родному городу);
...Петербурга, его родного города, — любимого и жестокого, прототипа всех будущих городов (определение любимого и жестокого относится к Петербургу).

Если поставить тире перед последним приложением, то сочетание согласованных определений нужно закрыть запятой:
...Петербурга, его родного города, любимого и жестокого, — прототипа всех будущих городов.

Грамматическое строение предложения таково, что оборот с союзом в том числе понимается как конкретизация слова расходы: существительные расходы и убытки стоят в одной форме — винительного падежа.

В официальном письменном тексте местоимения Вы и Ваш пишутся с прописной (большой) буквы как форма вежливого обращения к одному лицу: Уважаемая Анна Ивановна, ООО «Ромашка» выражает Вам искреннюю благодарность за многолетнюю службу, за те силы, терпение и время, которое Вы вложили в работу, и преданность профессии.

Правильно: что необычного. В подобных предложениях после вопросительного слова что следует существительное (толк, прок), качественное прилагательное (новый, интересный) или местоименное слово такой в форме родительного падежа. В синтаксисе такие предложения относят к предложениям т. н. фразеологизированной структуры, то есть предложениям, строение которых не может быть объяснено современными синтаксическими правилами.

Для постановки этих запятых нет оснований.

Первое (или единственное) слово сокращенного названия пишется с прописной буквы: представлен к званию Героя.

Слово безоплатный использовалось в прошлом в значении ‘неоплатный’, ‘который невозможно выплатить’, чаще всего в сочетании безоплатный долг. Оно зафиксировано в академическом толковом словаре под ред. Я. К. Грота (Словарь русского языка, составленный Вторым отделением Императорской Академии наук. Т. 1. СПб., 1895. С. 149). В состав современного литературного языка слово безоплатный не входит.

В данном случае это является местоимением и выполняет функцию прямого дополнения, зависящего от глагола объясняю (объясняю что? это). Ср. при другом порядке слов: Сердце моё здорово, я объясняю это совершенным воздержанием от табака и алкоголя или Сердце моё здорово, я это объясняю совершенным воздержанием от табака и алкоголя. Частица не зависит ни от какого другого члена в предложении, к ней невозможно задать вопрос, ср.: Посмотрите на фотографию, это я объясняю урок.

Правильно: читать с начала.

Вид связи в словосочетании не определяется вопросом. Управление — вид подчинительной связи, при которой существительное зависит от главного слова, то есть главное слово «требует» определенного падежа зависимого слова. При управлении форма зависимого слова в словосочетании не менятся при изменении главного, хотя потенциальная возможность такого изменения есть (шарф в клетку, шарфом в клетку и т. д., хотя возможны формы клетки, клеткой и прочие). Наличие предлога — характерный признак управления.

Примыкание — такой тип подчинительной связи, при которой к главному слову присоединяется неизменяемое слово (например, наречие по-узбекски).