Словарной фиксации нет, однако ударение на втором слоге кажется логичным (на той же гласной, что и в словах директор, дирекция).
Для первого названия существует словарная фиксация: Книга Памяти. Оба слова пишутся с заглавной буквы как слова, выражающие высокие священные понятия. Строчные буквы будут указывать на то, что название употребляется как родовое, обозначающее тип книги, например:
Судьбы всех земляков-фронтовиков, их боевой путь, подвиги, награды нашли отражение в книге памяти «Путь Победы».
Завершается работа по созданию книги памяти о фронтовиках «И в бою и в труде».
Второе название словарями не фиксируется. Если в книге отмечаются настоящие подвиги людей, то возможно слово почет писать с заглавной буквы (ср.: орден Почета, «Знак Почета» (орден). В других случаях рекомендуем написание Книга почета и при употреблении в качестве родового обозначения — книга почета.
Рекомендаций для подобных случаев в справочниках по правописанию пока нет. Из предложенных Вами вариантов лучше второй. Он выглядит диковинно, но не искажает названия, как в первом варианте. Однако более предпочтительным представляется написание без знака препинания: А ты «Мертвые души» то читал? Когда приставка или часть сложного слова, требующая слитного написания, присоединяется к словосочетанию, она пишется раздельно. Ср.: лже доктор наук, псевдо произведение искусства, теле круглый стол, мини стиральная машина; экс Советский Союз, псевдо Ван Гог, пол рабочего дня, пол столовой ложки, пол Московской области. Это правило можно распространить и на написание постфикса то, присоединяемого к словосочетанию.
Спасибо за очень интересный вопрос. Мы передадим его в Орфографическую комиссию РАН.
Если работу будут продолжать по той же причине, что и "работают в тесной кооперации с университетами", запятая перед и не требуется.
Слитно пишется местоименное наречие затем в значении 'для того, с той целью': В том числе затем, чтобы отвечать на такие вопросы.
Мягкий знак не отражает морфемный состав слова, поэтому отнесение его при разборе слова к той или иной части не является принципиальным.
Как правило, окончание -ОЙ у прилагательных является ударным. Но можно и в словаре проверить: