Верно: С Днём российского флага.
Верно: Роджер С. Уильям — старший.
Может быть, следует обратиться за разъяснениями к автору этих строк?
Для точного ответа требуется контекст. Скорее всего, кавычки нужны, так как словарное значение слов живой уголок — "специальное место (обычно в учреждении), где содержатся животные, птицы", а в Вашем случае эти слова используются в особом, условном значении. Кавычки точно нужны, если Вы хотите подчеркнуть ироническое значение этого сочетания.
Если в контексте слова Иван Иванович и Ирина Сергеевна не имеют значения уточнения, то запятые не нужны: Его отец Иван Иванович... С женой Ириной Сергеевной... Если такое значение есть, то имена собственные выделяются запятыми.
Определительный оборот обособляется.
Необходимо выделить вводные слова: Главный герой Родион Раскольников, с одной стороны, озлобленный, мнительный, с другой — добрый, сострадательный.
Запятая факультативна. Обратите внимание: между цифрой и знаком % нужен пробел.
